マイナンバーの管理ツールとは?おすすめのシステムや選び方も解説
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- マイナンバー管理システムは、マイナンバーの収集から破棄まで一括管理できる
- 情報漏洩や紛失のリスクを軽減して安全に管理でき、帳票作成時のミス削減にも繋がる
- 選ぶ際は、セキュリティ対策や他システムとの連携性、使いやすさなどを確認する
マイナンバーを効率的に管理するためのツールを導入したいなら、マイナンバー管理システムがおすすめです。マイナンバーの収集から破棄まで一括管理でき、情報漏洩のリスク軽減にも繋がります。この記事では、マイナンバー管理システムのメリットや選び方などを解説します。
マイナンバーの管理ツールとは

マイナンバーを安全かつ効率的に管理するためのツールとして、マイナンバー管理システムの導入がおすすめです。
マイナンバーは法律により取り扱いルールが厳格に定められており、収集方法や利用目的の明示、保管期間の管理、不要になった際の適切な破棄まで、適切な対応が求められます。
そのため、紙やExcelなどによる手作業での管理では、管理ミスや情報漏えいのリスクが高まりやすく、運用に限界があります。
マイナンバー管理システムを利用すれば、マイナンバーの収集から保管、利用期限に応じた破棄までを一括で管理でき、情報漏えいのリスク軽減にもつながります。本記事では、マイナンバー管理システムの概要をはじめ、導入するメリットや選び方について解説します。

マイナンバー管理システムとは?メリット・デメリット、選び方を解説
マイナンバー管理システムとは、従業員のマイナンバーの収集から廃棄までを一元管理できるシステムです。本記事では、マイナンバー管理システムをよく知らない方や導入を検討している方のために、マイナンバー管理システムのメリット・デメリットや機能、導入する際の選び方を解説しています。
マイナンバー管理システムの導入メリット

マイナンバー管理システムを導入することで、煩雑になりがちなマイナンバー管理業務を効率化しつつ、セキュリティや法令対応の強化が期待できます。
マイナンバーは厳格なルールのもとで管理する必要があるため、属人的な運用や紙ベースの管理ではリスクが高まりがちです。ここでは、マイナンバー管理システムを導入することで得られる主なメリットについて解説します。
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マイナンバー管理システムの導入メリット
マイナンバーの収集から破棄まで一括管理できる
マイナンバー管理システムを導入することで、マイナンバーの収集・保管・利用・破棄までを一元的に管理できます。マイナンバーの管理業務では、本人確認書類の確認、適切な保管期間の設定、不要になった際の確実な破棄など、複数の工程を正確に行う必要があります。
これらを紙や個別のファイルで管理していると、対応漏れや管理ミスが発生しやすく、担当者に負担がかかりやすい点がデメリットです。
そこで、システム上で一括管理することで、各工程の進捗や管理状況を把握しやすくなります。また、利用期限に応じた管理や破棄のタイミングも把握しやすくなるため、法令に沿った運用を継続できるでしょう。
法改正に備えられる
マイナンバー制度や関連法令は、社会情勢や制度改正によって内容が見直されることがあります。そのため、自社で管理する場合はその都度情報を収集し、運用ルールを変更する必要があり、大きな負担になりがちです。
しかし、マイナンバー管理システムはクラウド型で提供されることが多いツールです。そのため、法改正があった場合でも自動でアップデートされ、常に最新の法令に対応した状態で管理ができます。
これにより、担当者の対応漏れや認識のズレによるリスクを抑えられるだけでなく、法改正のたびに運用を確認・修正する手間も軽減されます。
情報漏洩や紛失のリスクを軽減できる
紙ベースでマイナンバーを管理している場合、書類の紛失や誤廃棄、第三者による持ち出しなど、情報漏洩につながるリスクがつきまといます。保管場所の管理や鍵の管理を徹底していても、人的ミスを完全に防ぐことは難しいでしょう。
マイナンバー管理システムを利用すれば、こうしたリスクを大幅に低減できます。システム上ではデータが暗号化され、アクセス権限を設定することで、閲覧や操作ができる担当者を限定できます。
また、操作履歴をログとして記録できるため、不正アクセスや不適切な利用の抑止にもつながります。物理的に簡単に持ち出せない環境で管理できることから、紛失や内部不正のリスクを抑えることが可能です。
帳票作成のミスを削減できる
労務管理システムや給与計算ソフトと連携できるマイナンバー管理システムを導入することで、帳票作成時のミスを大幅に削減できます。
マイナンバーを別のシステムへ転記する作業が不要になるため、入力ミスや記載漏れといった人的ミスを防ぎやすくなります。特にマイナンバーは、一桁の誤りでも重大な問題に発展する恐れがあることから、手作業を減らせる点は大きなメリットです。
また、年末調整や法定調書の作成など、正確性が強く求められる業務においてもシステム連携による自動反映は高い効果を発揮します。帳票作成にかかる時間を短縮できるだけでなく、確認や修正作業の負担も軽減されるでしょう。
マイナンバー管理システムを選ぶ際のポイント

マイナンバー管理システムは、企業のセキュリティ体制や業務効率に大きく影響する重要なツールです。機能や価格だけで選んでしまうと、運用が定着しなかったり、想定外のコストが発生したりする可能性もあります。
そのため、自社の規模や業務フロー、管理体制に合っているかを多角的に確認することが重要です。ここでは、マイナンバー管理システムを選定する際に押さえておきたい主なポイントを解説します。
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マイナンバー管理システムを選ぶ際のポイント
システムのタイプを選ぶ
マイナンバー管理システムには、大きく分けて「マイナンバー管理に特化したシステム」と「労務管理システムにマイナンバー管理機能が備わったタイプ」があります。
特化型は、マイナンバーの収集・保管・破棄をシンプルに管理したい企業や、小規模事業者に向いています。一方で労務管理一体型は、給与計算や年末調整、勤怠管理などと連携できるため、業務を一元管理したい企業に適しています。
自社が抱える課題や管理範囲を整理し、既に労務管理システムを導入しているか、今後業務をどこまでシステム化したいかを踏まえて、システムのタイプを選ぶのがおすすめです。適切なタイプのシステムを選ぶことで、継続して無理なく運用できるでしょう。
セキュリティ対策は万全か
マイナンバーは極めて重要な個人情報であるため、セキュリティ対策が十分に講じられているかは最優先で確認すべきポイントです。具体的には、データの暗号化、アクセス権限の設定、操作ログの保存などの機能が備わっているかを確認しましょう。
担当者以外が閲覧できない仕組みや、不正アクセスを防止する機能があることで、情報漏えいのリスクを低減できます。セキュリティ水準はシステムごとに差があるため、表面的な機能だけでなく、対策内容をしっかり確認することが重要です。
マイナンバーの収集方法を確認
マイナンバーの収集方法は、システムによって大きく異なります。従業員のITリテラシーや社内の運用フローに合っていない方法を選んでしまうと、入力ミスや未提出が増える原因になるため、自社に適しているかを事前に確認することが重要です。
代表的な収集方法には、以下のようなものがあります。
| 方法 | 詳細 |
|---|---|
| 画面入力方式 | 従業員が専用画面に直接マイナンバーを入力する方法 |
| ID・パスワード方式 | ログイン情報を付与し、本人のみが入力できる方式 |
| ワンタイムURL方式 | 一度限り有効なURLから安全に入力する方式 |
管理できるマイナンバーの件数を確認
マイナンバー管理システムによって、管理できる件数の上限は異なります。従業員本人だけでなく、扶養家族のマイナンバーも管理対象になるため、想定より件数が増えるケースもあるでしょう。
そのため、現在の人数だけでなく将来的な増員や組織拡大を見据えて、自社の規模に合ったシステムを選ぶことが重要です。件数超過時に追加費用が発生する場合もあるため、料金体系とあわせて確認しておくのがおすすめです。
既存システムと連携できるか
マイナンバー管理システムを選ぶ際は、すでに導入している給与計算ソフトや労務管理システムと連携できるかを確認しましょう。連携できると、マイナンバーを別システムへ手作業で転記する必要がなくなり、入力ミスや記載漏れといった人的ミスを防ぎやすくなります。
特に年末調整や法定調書の作成など、マイナンバーを使用する業務が集中する時期には、システム連携の有無が業務効率に大きく影響します。連携できない場合は作業が煩雑になり、確認や修正に多くの時間を要する可能性があります。
事前に既存システムとの対応状況や連携範囲を確認することで、導入後の運用負担の大幅な削減に繋がります。
簡単に操作できるか
マイナンバー管理システムは、日常的に利用する業務ツールであるため、操作性の良し悪しが業務効率に大きく影響します。
操作が複雑なシステムを導入してしまうと、入力や確認に時間がかかり、かえって担当者の負担が増えてしまう可能性があります。また、操作方法の習得に時間がかかると、引き継ぎや教育の負担も大きくなるでしょう。
そのため、画面の見やすさや操作の分かりやすさ、直感的に使えるUIであるかを事前に確認することが重要です。特に複数の担当者が利用する場合は、誰でも迷わず操作できる設計かどうかがポイントになります。
多くのマイナンバー管理システムでは無料トライアルが用意されているため、導入前に実際の画面や操作感を試し、自社の業務に合っているかを確認するのがおすすめです。
サポート体制は整っているか
マイナンバー管理システムは、初期設定や運用開始時につまずきやすいケースが少なくありません。例えば、権限設定や既存データの移行、社内運用ルールとのすり合わせなど、導入初期には不明点やトラブルが発生しやすいです。
そのため、十分なサポート体制が整っているかを事前に確認することが重要です。特に初めてシステムを導入する企業は、初期設定や導入後のトラブル、操作方法が分からない場合や不具合が発生した際に、迅速に相談できる窓口があるかは必ずチェックしておきましょう。
また、電話やメール、チャットなど、どのようなサポート手段が用意されているか、対応時間は十分かといった点も比較しておくと安心です。サポート体制が充実していれば、トラブル時にも慌てず対応でき、長期的に安心してシステムを運用できるでしょう。
導入費用は適正か
マイナンバー管理システムの料金は、ユーザー数や管理できるマイナンバーの件数に応じて変動するケースが一般的です。従業員数や扶養家族の人数によって管理件数が増えることも多く、想定よりコストが膨らむ可能性があります。
そのため、初期費用だけでなく、月額・年額料金を含めたトータルコストを把握することが重要です。また、機能が充実していても自社の業務で使用しない機能が多ければ、費用対効果が低下する恐れがあります。
このようなリスクを回避するためには、必要な機能を整理したうえで、現在の予算に見合っているかを確認しましょう。あわせて、将来的な人員増加や運用範囲の拡大を想定し、料金がどのように変動するかを確認すると、長期的に無理のない運用が可能になります。
おすすめのマイナンバー管理システム5選
株式会社マネーフォワード
マネーフォワード クラウドマイナンバー
ここがおすすめ!
- スマホで撮影したものをアップロードするだけで提出完了
- 収集方式は「ID・パスワード」か「ワンタイムURL」かどちらの方式かを選べる
- 一括収集機能や従業員情報との紐づけなど、管理に便利な機能を多数搭載
ここが少し気になる…
- 保管や廃棄の一部機能は現在開発中(2024年9月現在)
株式会社SmartHR
SmartHR労務管理
ここがおすすめ!
- 直感的で誰でも扱いやすいシンプルなインターフェースでスマホでも使える
- 登録したマイナンバーは年末調整やその他の書類手続きにも利用可能
- 招待と同時に提供依頼が行え、家族のマイナンバー提供にも対応
ここが少し気になる…
- 労務管理システムの中の一部の機能のため、機能詳細については問い合わせで確認
フリー株式会社
freee人事労務
ここがおすすめ!
- 収集から保管・利用・破棄までクラウド上で完結でき、物理的リスクも軽減
- 「金融機関並み」の通信と暗号化により、安全に保管できる
- 「freee会計」や「freee人事労務」と連動でき、必要書類に自動反映
ここが少し気になる…
- 各プランに最小人数が設けられていて、全プランとも5名から利用できる
-
今までのエクセルや紙による勤怠管理では、手作業によるミスや月末の業務負担が大きな課題でした。サービスを導入することで、勤怠打刻から給与計算、年末調整などを自動化しました。またSlack連携やスマホ打刻など多様な働き方にも対応し、業務効率と正確性が大幅に向上した点を評価しています
-
freeeを導入する前まではExcelで各自が自己報告でした。そのため正確な勤務時間や残業時間などが曖昧でした。また、Excelを回収した人がそれぞれの勤務時間を集計するというアナログなやり方だったので、freeeを導入したことでそれが一括管理になったことが一番のメリットです。また、有給休暇申請などもfreee上で完結するので業務効率化に繋がっていると思います。
-
オンライン上でのやり取りのみで、実際に顔を会わせない状態で労務関係のやり取りをするという課題は解決できました。また、源泉徴収などもオンライン上で完結するので非常に使いやすいです。
株式会社オービックビジネスコンサルタント
奉行Edge マイナンバークラウド
ここがおすすめ!
- 従業員と個人支払先に対応しており、スマホやタブレットからでも提出できる
- メールテンプレートや一括メール機能を搭載し、作業効率も向上
- 基幹システムやAPIはもちろん、奉行シリーズとは自動で連携
ここが少し気になる…
- 労務管理システムの中の一部の機能のため、機能詳細については問い合わせで確認
株式会社フリーウェイジャパン
フリーウェイマイナンバー
ここがおすすめ!
- フリーウェイ給与計算の従業員マスタを利用することで手早く収集できる
- 「廃棄予定日」と「アラート」の設定が行え、うっかりミスを防止
- AWSを採用し、権限付与された管理者のみが情報を閲覧できる
ここが少し気になる…
- フリーウェイ給与計算との連携が前提
まとめ

マイナンバーは厳格なルールのもとで管理する必要があり、手作業や紙ベースでの運用では、業務負担や情報漏洩のリスクが高まりがちです。
マイナンバー管理システムを導入することで、マイナンバーの収集から保管や利用、破棄までを一元管理でき、管理業務の効率化とセキュリティ強化の両立が可能になります。導入時には、自社の規模や業務フロー、予算に合ったシステムを選ぶことが重要です。
本記事を参考に、自社にとって最適なマイナンバー管理システムを検討し、安全で効率的な管理体制の構築を目指しましょう。