【2025年】中小企業向け勤怠管理システムおすすめ12選を比較！導入シェアランキングや小規模法人向けも

中小企業の勤怠管理はどうしてるのだろう…そう考える人事担当の方は少なくありません。本記事では中小企業におすすめの勤怠管理システムをご紹介。中小企業における勤怠管理の課題や、導入シェアの高い人気の勤怠管理システムもランキング形式で紹介します。

目次

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1. 【42サービスから厳選】中小企業向け勤怠管理システムおすすめ3選
2. 中小企業向け勤怠管理システムを選ぶ3つのポイント
3. 中小企業向け勤怠管理システムおすすめ12選
4. 【比較表】おすすめの中小企業向け勤怠管理システム
5. 業界シェアが高い勤怠管理システムランキングTOP3

【42サービスから厳選】中小企業向け勤怠管理システムおすすめ3選

勤怠管理ソフトの多くは資料請求をすることで、運用を開始できます。これは公式サイトから検討した場合も同様です。本サイトでは複数のサービスをまとめて比較・資料請求できます。資料請求は無料なので、複数の製品を比較して自社に最適な勤怠管理ソフトを選びましょう。

本記事のシステム選定基準

40以上の勤怠管理システムを当社の編集チームが徹底比較！

• 初期費用/月額料金
• システムの機能性/業種に特化した機能
• 電話やチャットなどのサポート体制
• オプション機能/料金
• 無料トライアルの有無　

システムのスペックに加えて口コミや評価などから総合的に判断しました。

	特徴	企業規模	機能性	サポート	お試し 期間
	テレワークやシフト勤務など 勤怠管理にばらつきのある企業に	全規模対応			30日間
	従業員の出退勤を 正確に管理したい企業に	全規模対応			30日間
	勤怠だけでなく工数・ プロジェクト管理までできる	小規模〜 中小企業			30日間

幅広い業種や就業規則に対応！バックオフィスの一括管理にもおすすめ「ジンジャー勤怠」

コンプライアンスの高い勤怠管理なら「freee勤怠管理Plus」

勤怠から工数・プロジェクト管理まで行える！

【一覧表】中小企業向けおすすめ勤怠管理システム厳選3選

	特徴	企業規模	機能性	サポート	お試し 期間
	テレワークやシフト勤務など 勤怠管理にばらつきのある企業に	全規模対応			30日間
	従業員の出退勤を 正確に管理したい企業に	全規模対応			30日間
	勤怠だけでなく工数・ プロジェクト管理までできる	小規模〜 中小企業			30日間

中小企業向け勤怠管理システムを選ぶ3つのポイント

ここでは中小企業が勤怠管理システムを選ぶ際に必要な3つの選び方を紹介します。まずはこのポイントを押さえて自社に最適な勤怠管理システムを検討しましょう。

従業員の就業形態に対応できるか

専門的な人材を少数精鋭で採用することが多い中小企業では、さまざまな雇用形態で従業員を雇っていることも多いでしょう。例えば、シフト制だったり、フレックスタイム制だったり、それぞれの雇用形態・就業形態に合わせて、細かく勤怠管理を行うのは大変です。

そこで、正社員・契約社員・パートなど、就業形態に対応した勤怠管理システムを導入することで、形態が異なる従業員でも一括で勤怠管理を行うことができます。さらに、GPS機能を使用した、スマホ打刻やICカード打刻などを搭載しているシステムもあります。

よって、勤怠管理システムを選ぶ際には、こういった従業員の雇用形態・就業形態に柔軟に対応できるシステムを選びましょう。

ワークフロー機能を搭載しているか

勤怠管理には期間限定の就業方法があります。例えば、夏季休暇や有給休暇、残業申請などが含まれます。そういった勤務方法に関して、社内で独自の承認フローを要している企業も少なくありません。

そこで、近年のテレワーク化にも対応したワークフロー機能を搭載する勤怠管理システムを選ぶことで、大幅な承認フローの削減が可能となります。社外でも、スマートフォンから申請・承認業務を行いたい企業は、このワークフローツールも検討のポイントとしましょう。

給与システムなどと連携できるか

現在、社内で給与システムや労務管理システムを使用している場合、それらと連携可能な勤怠管理システムを選ぶことが重要です。なぜなら、今まで手作業で情報を転記していたものが、システムの連携によって不要になり、さらなる業務の効率化につながるからです。

なお、連携方法に関しては、専用のアプリをダウンロードしたり、CSVファイルを使用したりする場合があるため、導入前にシステム同士の連携方法に関しても十分に確認するようにしてください。

勤怠管理システムの基礎知識はこちら

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中小企業向け勤怠管理システムおすすめ12選

ここでは数多くの勤怠管理システムの中から、中小企業向けのおすすめ勤怠管理システムを紹介します。導入目的や企業の課題に合わせて最適なものを選びましょう。

人事労務もカバーする勤怠管理システム7選

人事労務もカバーできる中小企業向け勤怠管理システム一覧表

＼ 気になるサービスをClick！／

	特徴	口コミ評価	機能	サポート	お試し
	直感的な操作性で 初心者でも簡単に使える				30日間
	低コストでバック オフィス全体をサポート				–
	小規模法人や 中小・大企業まで 幅広い業種に				30日間
	必要な機能を カスタマイズして使える				30日間
	従業員や企業の 就業ルールに柔軟に対応	–			1ヶ月間
	勤怠だけでなく工数・ プロジェクト管理も	–			30日間
	交通費精算も まとめて行える				最大 2ヶ月間

導入から運用定着までサポート！操作が簡単で使いやすい「ジンジャー勤怠」

無駄なコストがかからないシンプルな機能性の「freee勤怠管理Plus」

正確な勤怠管理の実現と使いやすい操作性「マネーフォワードクラウド勤怠」

企業規模や課題に合わせて機能をカスタマイズできる「ジョブカン勤怠管理」

従業員や企業の就業ルールに合わせて柔軟に設定できる「e-就業OasiS」

人事労務もカバーできる中小企業向け勤怠管理システム一覧表に戻る

勤怠だけでなく工数・プロジェクト管理まで行える！「Kiroku」

交通費精算もまとめて行える「キンコン」

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勤怠管理に特化した勤怠管理システム5選

勤怠管理に特化した中小企業向け勤怠管理システム一覧表

＼ 気になるサービスをClick！／

	特徴	口コミ評価	機能	サポート	お試し
	すべての機能を 追加料金なしで使える	–			無料デモ
	0円から始められる 本格的な勤怠管理				無料プラン
	豊富な打刻方法で 業種や雇用形態を 問わない				30日間
	従業員30名まで 無料で使える				30日間
	従業員20名まで 無料で使える	–			無料プラン

ワークフローや休暇管理など全ての機能を追加料金なしで使える「レコル」

¥0から始めるクラウド勤怠管理システム「スマレジ・タイムカード」

20種類の多彩な打刻方法で業種や雇用形態を問わない「KING OF TIME」

スマホ対応！従業員30名以下なら無料で使える「HRMOS勤怠 by IEYASU」

従業員20名以下なら無料！専用打刻機のいらない勤怠管理「キンクラ」

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【比較表】おすすめの中小企業向け勤怠管理システム

＼ 気になるサービスをClick！／

	特徴	口コミ評価	機能	サポート	お試し
	直感的な操作性で 初心者でも簡単に使える				30日間
	低コストでバック オフィス全体をサポート				–
	小規模法人や 中小・大企業まで 幅広い業種に				30日間
	必要な機能を カスタマイズして使える				30日間
	従業員や企業の 就業ルールに柔軟に対応	–			1ヶ月間
	勤怠だけでなく工数・ プロジェクト管理も	–			30日間
	交通費精算も まとめて行える				最大 2ヶ月間
	すべての機能を 追加料金なしで使える	–			無料デモ
	0円から始められる 本格的な勤怠管理				60日間
	豊富な打刻方法で 業種や雇用形態を 問わない				30日間
	従業員30名まで 無料で使える				30日間
	従業員20名まで 無料で使える	–			無料プラン

業界シェアが高い勤怠管理システムランキングTOP3

ここでは、株式会社PIGNUSが行った調査結果*を元に、中小企業で業界シェアの高い勤怠管理システムをランキング形式で紹介します。勤怠管理システムを検討する際に、ぜひ役立ててください。

※株式会社PIGNUS「クラウド勤怠管理システム市場シェア調査」

※出典元：FitGap

1位：ジンジャー勤怠

ジンジャー勤怠はシンプルなUIと画面表示で誰でも簡単に勤怠管理が行えます。勤務実績や申請等を一覧で確認できるため、従業員の未打刻や遅刻・早退・申請の承認漏れに対して迅速に対応できます。

株式会社PIGNUSの調査によると、勤怠管理システムを導入している中小企業の12.8%はジンジャー勤怠を利用しています。個人事業主や中小企業・大企業の利用率も高く、企業規模を問わず幅広く利用できる人気の勤怠管理システムです。

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シリーズ累計登録社数 18,000社！ 無料!!資料を無料ダウンロード

2位：TimeProシリーズ

「TimePro-VG」や「CYBER XEED」など複数の勤怠管理システムを展開するTimeProシリーズは、企業規模や費用に合わせて複数のラインナップから選択できるのが特徴です。

株式会社PIGNUSの調査によると、勤怠管理システムを導入している中小企業の8.6%はTimeProシリーズを利用しています。TimeProシリーズは特に大企業や中堅企業など法人での利用率が高く、正社員やパート・アルバイトなどの雇用形態や、変形労働時間制・フレックス勤務などの複雑な就業管理にも対応しています。

3位：KING OF TIME

20種類の豊富な打刻方法と5カ国の言語・タイムゾーン対応で、業種や従業員の国籍を問わず利用できる勤怠管理システムです。株式会社PIGNUSの調査によると、勤怠管理システムを導入している中小企業の8.0%がKING OF TIMEを利用しています。

業界シェアが高い勤怠管理システム比較一覧表

＼ 気になるサービスをClick！／

	特徴	口コミ評価	機能	サポート	お試し
	直感的な操作性で 初心者でも簡単に使える				30日間
	企業の複雑な 勤怠管理にも対応				–
	豊富な打刻方法で 業種や雇用形態を 問わない				30日間

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まとめ

中小企業は従業員が少ないため勤怠管理は手入力で行われている企業が多いです。しかし、作業効率の悪さや正確性を求められる担当者の業務負担などいくつかの課題があります。勤怠管理システムを導入すると、管理の一括化や迅速な法改正など、作業効率が大幅に上がって管理者や従業員の満足度も上がります。

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