決済代行会社とは？仕組み・費用相場・選び方をわかりやすく解説

「決済代行会社に頼むと何が楽になるのか」「手数料はどのくらいが普通なのか」「カード決済の会社と掛け払いの会社は何が違うのか」。決済手段を増やしたい、あるいは請求や回収の手間を減らしたいと考えて調べ始めると、似た名前のサービスが多く、どこから比べればよいか迷いがちです。

この記事では、決済代行会社の仕組みとお金の流れ、手数料の種類と一般的な相場、選び方のポイントを整理します。あわせて、多くの解説記事では消費者向けのカード決済代行が中心に扱われるなかで見落とされやすい、企業間取引（BtoB）の「掛け払い」を代行するタイプについても、カード決済代行との違いがわかるように切り分けて解説します。まずは簡単な診断で、自社がどちらのタイプから検討すべきかを確認してみてください。

目次

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1. 決済代行会社の比較｜掛け払い・後払いの3サービス
2. 決済代行会社とは｜仕組みと資金の流れ
3. 決済代行会社の費用相場（手数料の種類）
4. 決済代行会社の選び方
5. 用途別に見る決済代行会社の選び方
6. 決済代行会社選定でよくある失敗パターン
7. 決済代行導入によるコスト・資金繰り改善を数値で確認する
8. よくある質問（FAQ）
9. まとめ
10. 参考文献

決済代行会社の比較｜掛け払い・後払いの3サービス

決済代行会社は、カード決済をまとめるタイプと、請求書払いの与信・請求・回収を引き受ける掛け払い・後払いタイプに分けて比べると選びやすくなります。ここでは後者のうち、企業間取引と通販の両方をカバーする3つのサービスを並べます。

下の表の内容は、お名前.comビジネスコンシェルジュの各商品ページに掲載されている公式情報をもとに整理したものです。料金は商材や取引規模によって個別に決まるため、表では具体的な金額ではなく料金体系の考え方を記載しています。どのサービスにも長所と確認しておきたい点があるため、自社の取引相手と課題に照らして読んでください。

サービス名（提供会社）	主な用途	長所	確認しておきたい点
GMO掛け払い（GMOペイメントサービス株式会社）	企業間取引の掛け払い	与信審査から請求書発行、入金管理、督促まで代行。小口取引はリアルタイム与信、事前審査を使えば大型取引にも対応。定期請求など請求方法のオプションが豊富	換金性の高い商材など、審査結果によって利用できない場合がある。取引先は国内で事業を営む企業に限られ、海外向け販売には使えない
GMO後払い（GMOペイメントサービス株式会社）	EC・通販の消費者向け後払い	決済時に数秒で与信結果を返すリアルタイム与信。与信を通過し正常に完了した取引は未回収リスクを保証。取引金額に応じてプランを選べる	対面販売や電話受注では利用できない。Webサイトの審査があるため、商品掲載や特定商取引法の表示が整ってから申し込む必要がある
マネーフォワード 掛け払い（マネーフォワードケッサイ株式会社）	企業間取引の掛け払い	AIを用いた審査モデルで与信が短時間で完了。所定条件で入金を保証し、早期振込オプションもある。会計ソフトとの連携やAPIドキュメントが充実	業種・商材によっては利用できない場合がある。無料トライアルはなく、デモ版で操作を確かめる形になる。業務フローやシステム連携の整備は自社で行う

3つのうち、企業間取引で「請求書払いにしたいが、取引先ごとの与信と回収が負担になっている」という課題に最も幅広く応えるのがGMO掛け払いです。与信審査と請求書の発行・送付、入金管理、督促までをまとめて任せられ、取引先ごとに圧着はがき・封書・PDFの請求書を出し分けることもできます。まずは自社の取引条件で使えるかを確認するところから始めるとよいでしょう。

カード決済やコンビニ決済など、消費者向けの決済手段を幅広く比較したい場合は、決済代行サービスのおすすめ17選を徹底比較もあわせて確認してください。

決済代行会社とは｜仕組みと資金の流れ

決済代行会社とは、事業者（加盟店）とカード会社・金融機関などの決済機関の間に立ち、契約手続き、決済処理、入金管理をまとめて引き受ける会社です。事業者は決済機関ごとに個別の契約を結ばなくても、1つの契約で複数の決済手段を導入できます。

たとえば自社のECサイトでクレジットカード、コンビニ払い、銀行振込、電子マネーを使えるようにしたい場合、本来はカード会社やコンビニ収納代行会社などと1社ずつ契約し、それぞれのシステムとつなぎ込み、入金も別々に確認する必要があります。決済代行会社を使うと、これらの窓口が1つにまとまり、管理画面も入金もまとめて扱えるようになります。

カード決済代行のお金の流れ

消費者向けのカード決済代行では、情報とお金が次の順で流れます。購入者が決済すると、決済代行会社がカード会社に承認を依頼し、承認結果を事業者に返します。売上が確定すると、代金はカード会社から決済代行会社へ、決済代行会社から手数料を差し引いたうえで事業者へと支払われます。事業者から見ると、入金元が決済代行会社1社に集約される点が大きな特徴です。

掛け払い・後払い代行のお金の流れ

掛け払いや後払いの代行では、流れが少し異なります。事業者が取引を登録すると、決済代行会社が買い手の与信審査を行い、審査に通過した取引の債権を引き受けます。請求書の発行と送付、入金の確認、支払いが遅れた場合の督促も決済代行会社が担い、事業者には買い手の支払い状況にかかわらず、決められた期日に代金が支払われます。つまりカード決済代行が「決済手段の窓口をまとめる」サービスであるのに対し、掛け払い・後払い代行は「与信と回収のリスクごと引き受ける」サービスだと整理できます。

比較項目	カード決済代行	掛け払い・後払い代行
主な役割	複数の決済手段の契約とシステム接続を一本化	与信審査、請求書発行、入金管理、督促を代行
与信を行うのは	カード会社（カード発行時・利用時の審査）	決済代行会社が取引ごと、または取引先ごとに審査
未回収リスク	売上確定後はカード会社側が負う。ただしチャージバックの扱いは契約次第	与信を通過した取引は決済代行会社が保証するのが一般的（条件はサービスごとに異なる）
向いている取引	ECサイト、実店舗、サブスクリプションなど消費者向け	企業間の受発注、請求書払いを希望する通販の購入者

決済代行会社を使うメリット

決済代行会社を使う主なメリットは、次の4つです。

• 決済機関ごとの個別契約やシステム接続が不要になり、導入までの期間と手間を減らせる
• 入金元と管理画面が一本化され、売上の確認や消込の作業がまとまる
• カード情報の保護や不正利用対策など、専門的なセキュリティ対応を任せられる
• 掛け払い・後払い代行の場合は、与信審査と回収の負担、貸し倒れのリスクを外に出せる

特にクレジットカードを扱う事業者には、割賦販売法にもとづき、カード番号などの情報を適切に管理し、不正利用を防ぐ措置を講じることが求められています。経済産業省のクレジット取引に関するページでも、加盟店に求められるセキュリティ対策の考え方が示されています。自社でカード情報を保持しない仕組みを決済代行会社と組むことは、この義務に対応するうえでも現実的な方法です。なお、本記事は法的助言を目的としたものではなく、具体的な義務の範囲は専門家や契約先に確認してください。

決済代行会社の費用相場（手数料の種類）

決済代行会社の費用は、初期費用、月額固定費、取引ごとの決済手数料、請求書発行や振込などの処理手数料の4つで構成されるのが一般的です。比べるときは料率だけでなく、4つを合わせた総額で見ることが大切です。

費用の種類	内容	比べるときの着眼点
初期費用	契約時やシステム接続時に一度だけかかる費用	無料のサービスも多い。システム連携の開発費が別途かかるかを確認
月額固定費	取引がなくても毎月かかる基本料金	取引量が少ない時期でも負担になるため、月額無料のプランの有無を確認
決済手数料	取引金額に対して一定の料率でかかる費用	取引規模が大きいほど料率が下がるプランがあるかを確認
処理手数料	請求書発行、振込、取消などの件数ごとの費用	紙の請求書かPDFかで費用が変わることが多い。件数が多い事業者ほど影響が大きい

決済手段ごとの手数料の目安

一般的な目安として、クレジットカード決済の手数料は取引金額の3%から6%程度、電子マネーは2%から4%程度と紹介されることが多く、振込や取消の処理手数料は1件あたり数円から数十円程度の設定がよく見られます。ただし、これはあくまで各社が公開している情報をもとにした時点の目安であり、業種、取引規模、商材のリスク、契約条件によって大きく変動します。掛け払い・後払い代行では、与信と未回収リスクの保証を含むため、取引金額に対する料率に加えて、請求書1通ごとの発行費用がかかるのが一般的です。

手数料だけで比べると見落とすコスト

決済代行会社の比較で見落とされやすいのは、自社で処理した場合にかかっている社内の人件費と、未回収になった場合の損失です。たとえば掛け売りを自社で管理していると、取引先ごとの信用調査、請求書の作成と郵送、入金の照合、支払いが遅れた取引先への連絡といった作業が毎月発生します。さらに一度でも貸し倒れが起きれば、その売上は丸ごと失われます。手数料の料率が低いサービスを選んでも、保証の範囲が狭ければこのリスクは自社に残ります。料率と保証範囲、代行してもらえる業務の範囲を一緒に比べることで、実質的なコストが見えてきます。この試算は、後半のシミュレーターで実際に数字を入れて確認できます。

決済代行会社の選び方

決済代行会社は「対応する決済手段と業態」「サポート体制と与信審査の柔軟性」「入金サイクル」の3点で選ぶと、自社に合うかどうかを判断しやすくなります。料金はその3点を満たす候補の中で比べるのが失敗しにくい順番です。

対応する決済手段・業態（BtoB／BtoC／実店舗）

最初に確認したいのは、自社の取引相手と販売チャネルに合った決済手段を扱っているかです。消費者向けのECサイトであればカード決済、コンビニ払い、後払い、スマホ決済などの幅広さが重要になります。実店舗であれば、決済端末の提供や店頭での使いやすさが判断材料になります。一方、企業間の受発注では、そもそもカード決済よりも請求書による後払い、いわゆる掛け払いが商習慣として一般的です。企業間取引が中心の事業者がカード決済代行だけを導入しても、取引先の多くは請求書払いを希望するため、課題が解決しないことがあります。

また、商材によっては審査で利用を断られる場合があります。換金性の高い商品や、法令上の許認可が必要な商材を扱う場合は、申し込み前に対象外の業種・商材がないかを確認しておくと手戻りを防げます。

サポート体制・与信審査の柔軟性

掛け払い代行を選ぶ場合、最も差が出やすいのが与信審査の柔軟性です。審査の通過率が低いと、せっかく導入しても自社の取引先の一部しか対象にならず、残りは従来どおり自社で請求と回収を行うことになります。取引先に中小企業や設立間もない企業が多い事業者ほど、審査の考え方と、審査に通らなかった取引をどう扱えるかを事前に確かめておくことが重要です。あわせて、導入時にシステム連携や社内の運用設計を支援してもらえるか、問い合わせに電話で対応してもらえるかといったサポート体制も確認しましょう。

この観点で候補になるのが、マネーフォワード 掛け払いです。AIを用いた独自の審査モデルと専門人材による審査を組み合わせ、遠隔や非対面の取引先でも与信を判断できるとされています。与信審査で否決された取引についても請求の代行を依頼できるため、「審査に通らなかった取引先だけ自社で請求書を作る」という二重運用を減らせます。さらに、同社の会計ソフトとの連携で仕訳を自動化でき、APIドキュメントも公開されているため、基幹システムとつないで受発注から請求までを自動化したい企業に向いています。一方で無料トライアルはなく、業種・商材によっては利用できない場合があるため、デモ版で操作を確かめたうえで、自社の取引が対象になるかを問い合わせて確認するのが確実です。

入金サイクル・資金繰りへの影響

入金サイクルとは、売上が確定してから決済代行会社から自社に代金が振り込まれるまでの周期のことです。月1回の締めで翌月にまとめて入金される契約と、月2回以上入金される契約とでは、手元に残る現金の量が変わります。仕入れや外注費の支払いが先に来る事業では、入金サイクルが長いと運転資金が不足しやすくなります。掛け払い代行の中には、支払期日前の売掛金を早めに受け取れるオプションを用意しているサービスもあります。料率の差がわずかであれば、入金の早さを優先したほうが資金繰りの面では有利になることもあります。

中小企業庁の取引適正化に関するページでは、発注側と受注側の支払条件の適正化に関する施策が案内されています。取引先との支払サイトの交渉と、決済代行による入金の早期化は、どちらも資金繰り改善の手段になるため、両面から検討するとよいでしょう。

用途別に見る決済代行会社の選び方

同じ「後払い」でも、通販の購入者が商品到着後に支払う消費者向けの後払いと、企業同士が月末締めで支払う掛け払いとでは、求められる機能が異なります。自社がどちらに当たるかで、見るべきポイントを切り分けましょう。

ECサイト・通販事業者の後払い決済

通販では、クレジットカードを持っていない人や、ネットでカード情報を入力することに抵抗がある人が一定数います。こうした購入者が決済画面で離脱してしまう、いわゆるカゴ落ちを防ぐ手段として、商品を受け取ってから請求書で支払える後払い決済が使われています。事業者にとっての課題は、商品を先に発送するため、代金を支払わない購入者がいると損失になる点です。そのため消費者向けの後払い代行では、注文の時点でどれだけ速く正確に与信を判断できるか、不正な注文を見抜けるかが選ぶ基準になります。

GMO後払いは、決済時に数秒で与信結果を返すリアルタイム与信を備え、不正データの蓄積と独自のアルゴリズムで不正受注の防止にも取り組んでいる後払い決済サービスです。与信を通過して正常に完了した取引については未回収リスクを保証し、購入者の支払い状況にかかわらず期日どおりに入金されます。請求書の発行、督促、入金管理も代行されるため、通販事業者が自社で債権回収を行う負担を減らせます。取引金額に応じて料金プランを選べるので、売上の規模に合わせた運用が可能です。ただし、対面販売や電話での受注には使えず、Webサイトの審査があるため、商品掲載と特定商取引法の表示を整えてから申し込む必要があります。

後払い決済を導入する際は、購入者に対して支払方法や手数料の有無を明確に表示することも欠かせません。経済産業省のキャッシュレスに関するページでは、キャッシュレス決済の普及に向けた取り組みや事業者向けの情報がまとめられています。自社の決済手段の見直しを検討する際の基本情報として確認しておくと役立ちます。

BtoB受発注・掛け売り取引の決済代行

企業間取引では、月末締め翌月末払いのような掛け売りが一般的です。この取引を自社で管理する場合、新しい取引先が増えるたびに信用調査を行い、与信枠を決め、毎月請求書を作って送り、入金を確認して消込を行い、遅れがあれば督促するという一連の業務が発生します。取引先の数が増えるほど、経理担当者の作業時間と、貸し倒れが起きた場合の損失のリスクがふくらみます。

BtoBの掛け払い代行を選ぶ際は、次の点を確認しておくと比較がしやすくなります。

• 小口の取引と大口の取引で、与信の方法や上限額がどう変わるか
• 請求書を紙で送る取引先とPDFで送る取引先が混在していても対応できるか
• 定期的に同じ金額を請求する取引や、締め日前の個別請求に対応できるか
• インボイス制度と電子帳簿保存法に対応した請求書発行と保存ができるか
• 海外の取引先や、特殊な商材を扱う取引が対象外になっていないか

とくにインボイス制度への対応は、請求書を発行する側・受け取る側の双方に関わるため重要です。国税庁のインボイス制度の特集ページで求められる記載事項を確認したうえで、決済代行会社が発行する請求書が要件を満たしているかを見ておきましょう。請求書の発行だけを効率化したい場合は、請求書発行システムのおすすめ比較も検討の選択肢になります。与信と回収の保証まで必要かどうかで、掛け払い代行と請求書発行システムのどちらが合うかが分かれます。

決済代行会社選定でよくある失敗パターン

決済代行会社の選定での失敗は、料率の低さだけで決めてしまい、自社の取引先や業務の流れとの相性を確かめなかったことが原因になるケースが多く見られます。スイッチを切り替えると、よくある失敗と回避策を見比べられます。

3つの失敗に共通するのは、決済代行会社の側の条件だけを見て、自社の取引相手と業務の実態を照らし合わせていないことです。「誰と取引しているか」「請求書を何通、どの形式で送っているか」「いつ入金されると助かるか」を先に書き出しておけば、候補は自然に絞り込めます。とくに失敗パターン1は、導入後に気づくと運用の見直しに時間がかかるため、見積もりの段階で主要な取引先を例に挙げて相談しておくのが確実です。

決済代行導入によるコスト・資金繰り改善を数値で確認する

掛け払い代行が割に合うかは、手数料と、自社で請求・回収を続けた場合の作業時間と貸し倒れの損失を比べることで判断できます。次のシミュレーターに自社の数字を入れて、年間の負担の目安を確認してみましょう。

試算した年間負担が掛け払い代行の年間費用を上回る場合は、代行を検討する価値があります。反対に、取引先が少なく長年の付き合いで貸し倒れの心配がほとんどない場合は、請求書発行の効率化だけで十分なこともあります。なお、この試算には入金サイクルの短縮による資金繰りの改善効果は含めていません。支払期日前に代金を受け取れるオプションを使えば、運転資金のための借入を減らせる可能性もあるため、見積もりの際には入金日もあわせて確認してください。

よくある質問（FAQ）

Q. 決済代行会社とは何ですか？

A. 事業者とカード会社・金融機関などの決済機関の間に立ち、契約手続き、決済処理、入金管理をまとめて引き受ける会社です。1つの契約で複数の決済手段を導入でき、入金元も一本化されます。掛け払いや後払いを代行するタイプでは、与信審査や請求書発行、督促まで引き受けます。

Q. 決済代行会社の手数料の相場はどのくらいですか？

A. 一般的な目安として、クレジットカード決済は取引金額の3%から6%程度、電子マネーは2%から4%程度と紹介されることが多いです。ただし業種や取引規模、契約条件によって大きく変わるため、初期費用、月額固定費、処理手数料も含めた総額で見積もりを比べてください。

Q. カード決済代行と掛け払い代行の違いは何ですか？

A. カード決済代行は、複数の決済手段の契約とシステム接続を一本化するサービスです。掛け払い代行は、企業間取引の請求書払いについて、与信審査、請求書発行、入金管理、督促を代行し、審査を通過した取引の未回収リスクを保証するのが一般的です。取引相手が企業中心なら掛け払い代行が候補になります。

Q. 決済代行会社を選ぶときのポイントは何ですか？

A. 自社の取引相手と販売チャネルに合った決済手段を扱っているか、与信審査の柔軟性とサポート体制、入金サイクルの3点をまず確認します。そのうえで、料率だけでなく請求書発行などの処理手数料や保証の範囲も含めて比べると、導入後のずれを防げます。

Q. 与信審査に通らなかった取引先はどうなりますか？

A. 審査に通らなかった取引は保証の対象外となり、通常は自社で請求と回収を行うことになります。サービスによっては、否決された取引の請求書発行だけを代行してもらえる場合もあります。取引先に中小企業が多い場合は、申し込み前に審査の考え方と否決時の扱いを確認しておきましょう。

Q. 決済代行会社を使うと資金繰りは改善しますか？

A. 掛け払い代行では、取引先の支払い状況にかかわらず決められた期日に入金されるため、未回収による資金不足を防ぎやすくなります。支払期日前に代金を受け取れるオプションを用意したサービスもあります。ただし入金サイクルは契約によって異なるため、見積もりの際に入金日を必ず確認してください。

まとめ

決済代行会社は、決済手段の窓口をまとめるカード決済代行と、与信と回収のリスクごと引き受ける掛け払い・後払い代行に分けて考えると、自社に合うタイプを判断しやすくなります。導入を検討する際は、次の4つを順番に確認しましょう。

1. 取引相手が企業中心か消費者中心かを整理し、掛け払い代行、後払い代行、カード決済代行のどれを検討するかを決める
2. 初期費用、月額固定費、決済手数料、処理手数料を合わせた総額で見積もりを比べる
3. 与信審査の考え方と否決時の扱い、サポート体制、入金サイクルを確認する
4. 自社で請求・回収を続けた場合の作業時間と貸し倒れの損失を試算し、代行費用と比べる

料率の低さだけで選ぶのではなく、自社の取引先と業務の流れに合うかどうかで選ぶことが、導入後に「使われなかった」「負担が残った」と後悔しないための近道です。

参考文献

• 経済産業省「クレジット取引」、2026年9月24日確認
• 経済産業省「キャッシュレス」、2026年9月24日確認
• 国税庁「特集　インボイス制度」、2026年9月24日確認
• 中小企業庁「取引適正化、価格交渉・価格転嫁、官公需対策」、2026年9月24日確認