フレックスタイム制度とは？仕組み・清算期間・残業の計算と導入手順を解説

フレックスタイム制度とは、あらかじめ定めた期間(清算期間)の総労働時間の範囲内で、労働者が日々の始業・終業時刻と労働時間を自分で決められる制度です。労働基準法第32条の3にもとづき、導入には就業規則への規定と労使協定の締結が必要で、残業は1日8時間を超えたかどうかではなく、清算期間の実労働時間が法定労働時間の総枠を超えたかどうかで判断します。清算期間の上限は2019年4月から3か月に延びており、1か月を超える場合は労使協定を労働基準監督署長に届け出ます。この記事では、仕組み、残業の数え方と計算例、導入の手順、ほかの制度との違い、メリット・デメリットと落とし穴を、厚生労働省の資料などの一次情報に沿って整理します(2026年10月20日確認)。

目次

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1. フレックスタイム制度とは｜総労働時間の範囲で、始業・終業時刻を自分で決める制度
2. フレックスタイム制の仕組み｜労使協定で定める6つの項目
3. フレックスタイム制の残業の数え方と計算例｜法定労働時間の総枠と週平均50時間
4. フレックスタイム制の導入手順｜就業規則・労使協定・届出の流れ
5. ほかの労働時間制度との違い｜変形労働時間制・裁量労働制
6. 導入状況とメリット・デメリット｜向く職場・向かない職場
7. フレックスタイム制の落とし穴｜よくある失敗と確認先
8. よくある質問(FAQ)
9. まとめ｜フレックスタイム制度で押さえたい5つのこと
10. 参考文献

フレックスタイム制度とは｜総労働時間の範囲で、始業・終業時刻を自分で決める制度

フレックスタイム制度(フレックスタイム制)とは、清算期間であらかじめ定めた総労働時間の範囲内で、労働者が日々の始業・終業時刻と、その日の労働時間を自分で決められる制度です。

厚生労働省は、労働者が仕事と生活の調和を図りながら効率的に働ける制度と説明しています（出典：厚生労働省「フレックスタイム制のわかりやすい解説＆導入の手引き」、2026年10月20日確認）。根拠は労働基準法第32条の3で、会社が就業規則などで始業・終業の時刻を労働者の決定に委ね、労使協定で清算期間や総労働時間などを定めたときに、1週間または1日の法定労働時間を超えて働かせることができると定められています（出典：e-Gov法令検索「労働基準法」第32条の3、2026年10月20日確認）。通常の労働時間制度とは時間外労働の数え方が異なり、1日8時間・週40時間を超えて働いても直ちに時間外労働にはならず、逆に標準の1日の労働時間に届かない日があっても欠勤にはなりません。

ただし、始業・終業時刻を労働者に委ねても、会社が労働時間の管理をしなくてよいわけではありません。実労働時間を把握し、清算期間ごとに総労働時間との過不足に応じて賃金を精算する必要があります（出典：厚生労働省「フレックスタイム制のわかりやすい解説＆導入の手引き」、2026年10月20日確認）。出退勤の時刻が人ごとにばらつくぶん、記録と集計の仕組みが運用の土台になります。

出退勤の記録と清算期間ごとの集計を仕組みにする方法の1つが、勤怠管理システムです。フレックスタイム制の運用に使える勤怠・労務のサービスは、役割に違いがあります。

実労働時間の記録と、超過の確認を仕組みにしたい場合の一例が、株式会社カオナビが提供するカオナビ勤怠です。商品ページによると、PC・タブレット端末・スマートフォン・ICカードリーダーから打刻でき、打刻忘れ、残業時間の超過、休日出勤の未届け、申請の承認待ちなどをアラートで通知します。企業ごとの雇用形態や勤務形態に応じた労働条件を設定して一元管理でき、変形労働時間や36協定の設定にも対応し、勤務データはCSVまたはPDFで出力でき、システム上で5年間自動保存されます。ただし、商品ページにフレックスタイム制の清算期間の集計についての記載はなく、対応の可否と設定方法は資料や問い合わせで確認する必要があります。また、費用はオプション扱いのため問い合わせでの確認が必要で、料金はプランによって異なるため、資料や公式サイトで確認してください。

フレックスタイム制の仕組み｜労使協定で定める6つの項目

フレックスタイム制の基本ルールは、労使協定で定める6項目(うちコアタイムとフレキシブルタイムの2つは任意)で決まります。

就業規則等に始業・終業時刻を労働者の決定に委ねる旨を定めたうえで、労使協定で次の項目を定めます（出典：厚生労働省「フレックスタイム制のわかりやすい解説＆導入の手引き」、2026年10月20日確認）。

表の内容は、厚生労働省の解説にもとづきます（出典：厚生労働省「フレックスタイム制のわかりやすい解説＆導入の手引き」、2026年10月20日確認）。

清算期間は最長3か月｜1か月を超えるなら届出が必要

清算期間とは、労働者が働くべき総労働時間を定める期間のことです。以前は上限が1か月でしたが、働き方改革関連法による改正で2019年4月から最長3か月になりました（出典：厚生労働省「フレックスタイム制のわかりやすい解説＆導入の手引き」、2026年10月20日確認）。

3か月にすると、たとえば6月に長く働いた分を8月に早く帰ることで調整するなど、月をまたいだ調整ができます。一方で、清算期間が1か月を超える場合は、労使協定を所轄の労働基準監督署長に届け出る必要があり、届出をしないと30万円以下の罰金が科されることがあります。清算期間が1か月以内であれば届出は不要です（出典：厚生労働省「フレックスタイム制のわかりやすい解説＆導入の手引き」、2026年10月20日確認）。同じ事業場の中で、対象者や部署ごとに清算期間を変えることも、労使協定に明記すれば可能とされています。

コアタイム・フレキシブルタイム・スーパーフレックス

コアタイムは、1日のうちで必ず働く時間帯です。必ず設けなければならないものではなく、設ける場合は開始・終了の時刻を労使協定で定めます。コアタイムを設けず、実質的に出勤する日も労働者が自由に決められる運用にする場合も、所定休日はあらかじめ定めておく必要があります（出典：厚生労働省「フレックスタイム制のわかりやすい解説＆導入の手引き」、2026年10月20日確認）。コアタイムを設けない運用は、一般に「スーパーフレックス」と呼ばれることがありますが、労働基準法に別の制度として定められているわけではなく、フレックスタイム制の運用の1つです。

注意したいのは、コアタイムが1日の労働時間とほぼ同じ長さになるときや、フレキシブルタイムが極端に短いときです。労働者が始業・終業の時刻を自由に決めるという趣旨に反するため、フレックスタイム制とはいえなくなると厚生労働省は注意を促しています（出典：厚生労働省「フレックスタイム制のわかりやすい解説＆導入の手引き」、2026年10月20日確認）。

総労働時間と標準となる1日の労働時間

総労働時間は、清算期間に働くべき所定労働時間のことで、法定労働時間の総枠(後述)を超えないように定めます。標準となる1日の労働時間は、有給休暇を取った日の賃金の計算に使います。フレックスタイム制の対象者が年次有給休暇を1日取った場合は、標準となる1日の労働時間を働いたものとして扱うため、賃金の精算では、実労働時間に「有給休暇の日数×標準となる1日の労働時間」を加えて計算します（出典：厚生労働省「フレックスタイム制のわかりやすい解説＆導入の手引き」、2026年10月20日確認）。

就業規則には始業と終業の両方を委ねると書く

条文は「始業及び終業の時刻をその労働者の決定に委ねることとした労働者」と定めています（出典：e-Gov法令検索「労働基準法」第32条の3第1項、2026年10月20日確認）。始業時刻だけを労働者に委ね、終業時刻は会社が決めるといった運用は、この要件に合いません。就業規則等には、始業と終業の両方を労働者の決定に委ねる旨を定めます。

フレックスタイム制の残業の数え方と計算例｜法定労働時間の総枠と週平均50時間

フレックスタイム制の時間外労働は、1日8時間を超えた時間ではなく、清算期間の実労働時間のうち、法定労働時間の総枠を超えた時間です。清算期間が1か月を超えるときは、月ごとの週平均50時間を超えた時間も加わります。

清算期間が1か月のときの法定労働時間の総枠

法定労働時間の総枠は、「清算期間の暦日数÷7×40時間」で求めます(特例措置対象事業場は後述)（出典：厚生労働省「フレックスタイム制のわかりやすい解説＆導入の手引き」、2026年10月20日確認）。1か月・2か月・3か月ごとの値は、次の表のとおりです。

総労働時間を、この総枠の範囲内で定めておく必要があります。清算期間の実労働時間が総労働時間を超えたときは、超えた時間分の賃金を追加して支払います。さらに、総枠を超えた時間は時間外労働となり、36協定の締結・届出と割増賃金の支払いが必要です（出典：厚生労働省「フレックスタイム制のわかりやすい解説＆導入の手引き」、2026年10月20日確認）。

計算例を示します。31日の月で、清算期間を1か月、総労働時間を160時間と定めた場合です。実労働時間が190時間なら、総労働時間を30時間超えているため、その分の賃金を追加で支払います。このうち、総枠177.1時間を超えた12.9時間(190時間-177.1時間)が、割増賃金の対象となる時間外労働です。総労働時間160時間と総枠177.1時間の間の17.1時間は、法定労働時間の範囲内なので、割増の対象にはなりません(上記の厚生労働省の解説にもとづく計算例です)。

反対に、実労働時間が総労働時間に届かなかったときは、不足した時間分の賃金を控除して支払う方法と、不足した時間を次の清算期間の総労働時間に加えて働いてもらう方法があります。たとえば、実労働時間が150時間なら10時間不足し、翌月が30日の月なら、翌月の総労働時間を160時間+10時間=170時間にできます。加算後の時間は、翌月の法定労働時間の総枠(171.4時間)の範囲内にする必要があります（出典：厚生労働省「フレックスタイム制のわかりやすい解説＆導入の手引き」、2026年10月20日確認）。

清算期間が1か月を超えるときは、月ごとの週平均50時間も見る

清算期間が1か月を超えるときは、清算期間全体が週平均40時間を超えないことに加えて、1か月ごとの労働時間が週平均50時間を超えないことが必要です。このどちらかを超えた時間が時間外労働になります。条文にも、清算期間を開始日以後1か月ごとに区分した各期間で週平均50時間を超えないとする読み替えが定められています（出典：e-Gov法令検索「労働基準法」第32条の3第2項、2026年10月20日確認）。繁忙月に偏った労働時間にはできません。

週平均50時間を1か月の時間数にすると、28日の月で200.0時間、29日の月で207.1時間、30日の月で214.3時間、31日の月で221.4時間です(50時間÷7×暦日数で計算した目安です)。

計算例です。4月から6月(30日+31日+30日=91日)を清算期間とし、法定労働時間の総枠が520.0時間の場合を考えます。4月の実労働が180時間、5月が235時間、6月が120時間なら、合計は535時間です。5月は31日の月の上限221.4時間を13.6時間超えており、この13.6時間は時間外労働として、5月の賃金支払日に割増賃金を支払います。残りの時間を清算期間全体で見ると、535時間から13.6時間を除いた521.4時間が総枠520.0時間を1.4時間超えるため、この1.4時間も時間外労働です。合計では15.0時間の時間外労働になります。厚生労働省の解説では、「1か月ごとの週平均50時間を超えた時間」と、「それを除いて清算期間全体で総枠を超えた時間」を、それぞれ時間外労働として数えるとされています（出典：厚生労働省「フレックスタイム制のわかりやすい解説＆導入の手引き」、2026年10月20日確認）(数値は上記の考え方にもとづく計算例です)。

割増賃金・36協定・休日労働・完全週休2日制の特例

フレックスタイム制でも、時間外労働をさせるには36協定の締結・届出が必要です。清算期間を単位に時間外労働を判断するため、36協定で「1日」の延長時間を定める必要はなく、「1か月」「1年」の延長時間を定めます。限度は原則として1か月45時間・1年360時間以内です（出典：厚生労働省「フレックスタイム制のわかりやすい解説＆導入の手引き」、2026年10月20日確認）。

割増賃金は、時間外労働に対して25%以上です。月60時間を超える時間外労働には50%以上の割増率が必要で、清算期間が1か月を超えるフレックスタイム制でも、前述の2つの方法で数えた各月の時間外労働について、60時間までは25%以上、60時間を超える分は50%以上で計算します。法定休日(1週間に1日)に働いた時間は、清算期間の総労働時間や時間外労働とは別に数え、35%以上の割増賃金を支払います（出典：厚生労働省「フレックスタイム制のわかりやすい解説＆導入の手引き」、2026年10月20日確認）。休日出勤の割増の考え方は、休日出勤とは？割増率の計算方法・振替休日と代休の違いを解説でも整理しています。

完全週休2日制の事業場には、曜日の巡りで想定外の時間外労働が出る問題を避ける特例があります。労使協定で定めれば、労働時間の限度を「清算期間内の所定労働日数×8時間」にできます。厚生労働省の例では、土日が休日の31日の月で、標準の1日を7時間45分とし、所定労働日数が23日の場合、総労働時間は178.25時間で、通常の総枠177.1時間を超えてしまいます。特例を使うと、限度は8時間×23日=184時間になり、総労働時間に収まります（出典：厚生労働省「フレックスタイム制のわかりやすい解説＆導入の手引き」、2026年10月20日確認）。

なお、特例措置対象事業場(常時10人未満の商業、映画・演劇業、保健衛生業、接客娯楽業)は、清算期間が1か月以内なら、週の法定労働時間が44時間のため、総枠を週44時間で計算できます。清算期間が1か月を超える場合は、特例措置対象事業場でも週平均40時間で計算します（出典：厚生労働省「フレックスタイム制のわかりやすい解説＆導入の手引き」、2026年10月20日確認）。

本記事は一般的な情報の整理であり、法的助言ではありません。個別の判断は、労働基準監督署や社会保険労務士に確認してください。

清算期間ごとの集計を手作業にしない

ここまでの計算は、人ごとに、日々の実労働時間、有給休暇、法定休日の労働を区別して集計して初めて行えます。清算期間が1か月を超えると、月ごとの上限の確認も加わり、表計算での手作業は負担が大きくなります。こうした集計を仕組みにしたい場合の一例が、jinjer株式会社が提供するジンジャー勤怠です。商品ページによると、フレックス制度・裁量労働時間制といった多様な勤務形態に対応できるとされています。労働時間は100種以上の集計項目から設定して自動で集計でき、法定内・法定外の残業時間や深夜時間を分けて集計できます。残業可能時間や有給休暇日数は、雇用形態や勤務形態にあわせて個別に設定でき、超過または不足していると自動で通知が届きます。ただし、清算期間が1か月を超える集計や、法定労働時間の総枠との比較にどこまで対応するかは商品ページに記載がなく、資料で確認が必要です。また、セキュリティ機能やサポートプランの一部にはオプション料金が発生します。商品ページの評価は4.4(14件、2026年10月20日確認)で、商品ページには、スマートフォンアプリでは申請や修正の画面がわかりにくいという声があります。料金はプランによって異なるため、資料や公式サイトで確認してください。

導入事例として、社会福祉法人三重ベタニヤは、導入前に紙のタイムカードの回収から給与計算までの業務で、毎月2営業日以上の工数が発生していたと、jinjerの導入事例で紹介されています。フレックスタイム制に限った事例ではなく、勤怠と給与計算の連携で工数を減らした例です。

「打刻情報がそのままデータ化され、給与計算システムにワンクリックでデータ連携。」

社会福祉法人三重ベタニヤ「ジンジャー勤怠」導入事例の導入後の効果の項目。出典：jinjer「社会福祉法人三重ベタニヤ」導入事例、2026年10月20日確認

フレックスタイム制の導入手順｜就業規則・労使協定・届出の流れ

フレックスタイム制は、就業規則等への規定と、労使協定の締結の2つがそろえば導入できます。清算期間を1か月より長くする場合だけ、労使協定の届出が加わります。

表の内容は、厚生労働省の解説にもとづきます（出典：厚生労働省「フレックスタイム制のわかりやすい解説＆導入の手引き」、2026年10月20日確認）。就業規則に始業・終業の両方を委ねる旨を書くこと、コアタイムやフレキシブルタイムの時刻を協定と就業規則でそろえることが、導入後の食い違いを防ぐ基本です。労使協定は事業場(工場、支店、営業所等)ごとに協定します。

導入の前後で見落としやすいのは、労働時間の把握です。会社には、実労働時間を把握して、適切な労働時間管理と賃金の精算を行う責任があります（出典：厚生労働省「フレックスタイム制のわかりやすい解説＆導入の手引き」、2026年10月20日確認）。労働時間管理の義務そのものは、労働時間管理とは？労働基準法による企業の義務や管理の必要性を解説で解説しています。法定労働時間と所定労働時間の違いは、所定労働時間とは？法定労働時間との違い・決め方・計算方法を解説や、法定労働時間とは？言葉の意味や残業代の計算方法をわかりやすく解説が参考になります。

導入後の運用が回るかを、自社の状況に当てはめて確認してみてください。

ほかの労働時間制度との違い｜変形労働時間制・裁量労働制

フレックスタイム制は、労働者が日々の始業・終業時刻を決める制度です。変形労働時間制は会社が事前に特定する制度、裁量労働制は労働時間をみなす制度で、仕組みが異なります。

表の根拠は、e-Gov法令検索の労働基準法の各条文です（出典：e-Gov法令検索「労働基準法」、2026年10月20日確認）。フレックスタイム制と変形労働時間制は、どちらも法定労働時間を超えて働く日を認める点が似ていますが、フレックスタイム制は日々の時間を労働者が決め、変形労働時間制は会社が特定した日・週の時間が基準になります。裁量労働制は、実際に働いた時間にかかわらず、あらかじめ定めた時間を働いたものとみなす点が違います。

制度ごとに時間外労働の数え方が異なるため、フレックスタイム制の考え方を他の制度にそのまま当てはめないことが大切です。労働基準法が定める労働時間の上限の全体像は、労働基準法の労働時間とは？1日8時間・週40時間と上限を解説で解説しています。

導入状況とメリット・デメリット｜向く職場・向かない職場

フレックスタイム制を導入している企業は、令和7年(2025年)の調査で8.3%です。企業規模が大きいほど導入している割合が高くなっています。

数値は、厚生労働省の令和7(2025)年就労条件総合調査の「労働時間制度」の結果にもとづきます(割合は、変形労働時間制の種類ごとの複数回答の値。厚生労働省「令和7(2025)年就労条件総合調査 結果の概況」、2026年10月20日確認)。導入企業は全体の1割に届かず、規模が小さい企業ほど少ないことがわかります。

メリット｜労働者と会社の双方にある

厚生労働省は、労働者にとっては、日々の都合に合わせて時間をプライベートと仕事に配分でき、仕事と生活のバランスをとりやすくなると説明しています。例として、共働きで保育園の送り迎えを日替わりで分担する、通勤ラッシュを避けて出勤時刻をずらす、通院してから出勤する、資格取得のために早く帰る日をつくる、といった使い方が挙げられています。会社にとっても、労働時間を効率的に配分でき、労働生産性の向上が期待できるうえ、労働者が長く職場に定着しやすくなる利点があるとされています（出典：厚生労働省「フレックスタイム制のわかりやすい解説＆導入の手引き」、2026年10月20日確認）。

デメリットと対策｜運用の負担は会社側に出やすい

デメリットは、制度の仕組みそのものより、運用で出やすい負担にあります。次の表に、起こりやすい課題と、制度の仕組みから導ける対策を整理しました。

表の「背景」と対策は、厚生労働省の解説に書かれた制度の仕組みと留意事項にもとづき、運用面の対策は本記事での整理です（出典：厚生労働省「フレックスタイム制のわかりやすい解説＆導入の手引き」、2026年10月20日確認）。

向く職場・向かない職場

公的な資料には、業種ごとにフレックスタイム制の可否を定めた記載はなく、導入できるかは業務の性質と、会社と従業員の話し合いで決まります。一般には、個人で完結する業務が多い職種は始業・終業時刻を委ねやすく、来店対応や、時間を決めて行う作業が中心の職種は、全員の勤務時間をそろえる必要が高くなります。そうした場合は、対象を特定の部署や職種に絞る、コアタイムを設けて一定の時間帯は全員がそろうようにする、といった範囲の決め方が考えられます。

清算の結果を給与計算へつなぐ

清算期間の終わりには、超過した時間の賃金の追加、不足した時間の控除や繰越を、給与計算に反映します。勤怠の集計から給与計算、入社・退職の手続きまでを1つのシステムでまとめたい中小企業の場合の一例が、freee株式会社が提供するfreee人事労務です。商品ページによると、勤怠管理、給与計算、給与明細の作成、年末調整に対応し、共通する情報の入力は1度で済むとされています。入社・退職の手続きでは、従業員がオンラインで必要な手続きを進められ、社会保険や雇用保険など加入が必要な書類を自動作成できます。ただし、商品ページにフレックスタイム制への対応の記載はなく、対応の可否と、清算期間の集計の設定方法は資料での確認が必要です。商品ページの評価は4.5(20件、2026年10月20日確認)で、複数人での管理やカスタマイズでは融通が利きづらい場合があるとされ、スマートフォンからの出退勤が使いにくいという声もあります。料金はプランによって異なるため、資料や公式サイトで確認してください。

導入事例として、株式会社クラウンベーカリーは、アルバイトの入退社が多く、紙で情報を収集・管理するやり取りに時間がかかっていたと、freeeの導入事例で紹介されています(公開日の記載はなし)。フレックスタイム制の事例ではなく、勤怠集計と給与計算の手作業を見直した例です。

「勤怠集計・給与計算を手作業で行っているがゆえに、業務量は増え続けミスも頻発するように」

株式会社クラウンベーカリー「freee人事労務」導入事例の課題の項目。出典：freee「株式会社クラウンベーカリー」導入事例、2026年10月20日確認

フレックスタイム制の落とし穴｜よくある失敗と確認先

フレックスタイム制の落とし穴は、時間外労働の数え方、コアタイムの長さ、届出、労働時間の把握の4つに集中します。いずれも厚生労働省の資料で確認できます。

失敗の多くは、日々の実労働時間を人ごとに記録し、総枠や月ごとの上限と比べる作業が、手作業のままになっていることから起きます。この記録と確認を仕組みにする方法として、役割の違う勤怠・労務のサービスの資料をまとめて取り寄せ、比べることもできます。

なお、本記事は一般的な情報の整理であり、法的助言ではありません。個別の判断は、労働基準監督署や社会保険労務士に確認してください。

よくある質問(FAQ)

Q1. フレックスタイム制度とはどういう制度ですか？

A. 清算期間であらかじめ定めた総労働時間の範囲内で、労働者が日々の始業・終業時刻と労働時間を自分で決められる制度です(労働基準法第32条の3)。導入には就業規則等への規定と労使協定の締結が必要で、清算期間は最長3か月です。コアタイムとフレキシブルタイムは任意で設けます。

Q2. フレックスタイム制では、1日に何時間働くのですか？

A. 1日の労働時間は決まっておらず、清算期間の総労働時間を満たすように、労働者が日ごとに決めます。協定で定める「標準となる1日の労働時間」は、有給休暇を1日取ったときに働いたものとして扱う時間の基準で、毎日その時間働く義務を表すものではありません。コアタイムがある場合は、その時間帯は勤務する必要があります。

Q3. フレックスタイム制で8時間以上働いたらどうなりますか？

A. 1日8時間を超えても、直ちに時間外労働にはなりません。時間外労働になるのは、清算期間の実労働時間が法定労働時間の総枠を超えた時間です(1か月なら、31日の月で177.1時間)。総労働時間を超えた分は賃金の追加支払いが必要で、総枠を超えた分は36協定と割増賃金(25%以上)の対象になります。

Q4. フレックスタイム制の落とし穴は何ですか？

A. 主な落とし穴は4つです。(1)残業を1日8時間で数えてしまう、(2)コアタイムを長くしすぎて制度の趣旨に反する、(3)清算期間が1か月を超えるのに労使協定を届け出ない、(4)出退勤の時刻が自由なので労働時間の把握を怠る。清算期間が3か月のときは、月ごとの週平均50時間を超えた時間も時間外労働になります。

Q5. コアタイムと清算期間は、必ず決める必要がありますか？

A. コアタイムとフレキシブルタイムは任意で、設けなくても導入できます。一方、清算期間は労使協定で必ず定める項目で、上限は3か月です。起算日も定めます。コアタイムを設ける場合は開始・終了時刻を協定で定め、コアタイムを設けない場合も所定休日はあらかじめ定めます。

Q6. フレックスタイム制を導入するには、何が必要ですか？

A. 就業規則等に始業・終業時刻を労働者の決定に委ねる旨を定めることと、労使協定で対象者・清算期間・総労働時間・標準となる1日の労働時間などを定めることが必要です。清算期間が1か月を超える場合は、労使協定届(様式第3号の3)を労働基準監督署長に届け出ます。時間外労働をさせるなら36協定も必要です。

まとめ｜フレックスタイム制度で押さえたい5つのこと

フレックスタイム制は、日々の働き方を労働者に委ねる代わりに、会社には労働時間の把握と精算の責任が残る制度です。最後に、押さえておきたい点を整理します。

1. 仕組みは「清算期間の総労働時間の範囲で自分で決める」：労働基準法第32条の3にもとづき、就業規則等への規定と、6項目を定めた労使協定で導入します。コアタイムとフレキシブルタイムは任意です。
2. 残業は法定労働時間の総枠で数える：1日8時間を超えても直ちに時間外労働にはならず、清算期間の実労働時間が総枠(1か月なら160.0-177.1時間)を超えた時間が時間外労働です。
3. 清算期間は最長3か月で、1か月を超えれば届出が必要：3か月にするときは、月ごとの週平均50時間も超えないようにします。届出をしないと30万円以下の罰金です。
4. 落とし穴は、コアタイムの長さ・届出・労働時間の把握：コアタイムが1日とほぼ同じ長さになると、フレックスタイム制といえなくなります。
5. 労働時間の記録と集計の仕組みを検討する：打刻とアラートならカオナビ勤怠、勤務形態ごとの集計ならジンジャー勤怠、給与計算や手続きまでならfreee人事労務と、役割が違う選択肢があります。

本記事は一般的な情報の整理であり、法的助言ではありません。個別の判断は、労働基準監督署や社会保険労務士に相談してください。法令・制度と各社の商品ページは、2026年10月20日に確認した内容に基づきます。フレックスタイム制の管理に勤怠管理システムをどう選ぶかは、フレックスタイム制の管理には勤怠管理システムが有効｜選び方も解説も参考にしてください。

参考文献

• 厚生労働省・都道府県労働局・労働基準監督署「フレックスタイム制のわかりやすい解説＆導入の手引き」(働き方改革関連法解説、2023年2月)、2026年10月20日確認
• デジタル庁 e-Gov法令検索「労働基準法」(第32条・第32条の2・第32条の3・第32条の3の2・第38条の3・第38条の4)、2026年10月20日確認
• 厚生労働省「令和7(2025)年就労条件総合調査 結果の概況」(労働時間制度)、2026年10月20日確認
• jinjer「社会福祉法人三重ベタニヤ導入事例」、freee「株式会社クラウンベーカリー導入事例」、2026年10月20日確認