【2026年最新】補助金で導入できる勤怠管理システムおすすめ5選を比較｜デジタル化・AI導入補助金の対象ツール

勤怠管理システムを導入したいものの、初期費用や月額料金が気になる企業も多いでしょう。導入コストを抑えるには、デジタル化・AI導入補助金の活用が有効です。本記事では、申請の対象者や活用する際の注意点を交えて、補助金で導入できる勤怠管理システムについて紹介します。

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目次

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1. 勤怠管理システムの始め方
2. 補助金で導入できるおすすめの勤怠管理システム5選
3. 【比較表】補助金で導入できる勤怠管理システム5選
4. 勤怠管理システムの導入に活用できるデジタル化・AI導入補助金とは
5. 勤怠管理システムの導入に活用できるその他の助成金
6. 助成金・補助金を活用する際の注意点
7. 勤怠管理システムの選び方
8. 業界シェアが高い勤怠管理システム人気ランキング
9. 勤怠管理をさらに効率化！関連記事はこちら

勤怠管理システムの始め方

勤怠管理ソフトの多くは資料請求をすることで、運用を開始できます。これは公式サイトから検討した場合も同様です。本サイトでは複数のサービスをまとめて比較・資料請求できます。資料請求は無料なので、複数の製品を比較して自社に最適な勤怠管理ソフトを選びましょう。

補助金で導入できるおすすめの勤怠管理システム5選

ここでは、数ある勤怠管理システムを比較して判明した、補助金で導入できるおすすめの勤怠管理システムを紹介します。資料請求と合わせてぜひ活用してください。

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【比較表】補助金で導入できる勤怠管理システム5選

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勤怠管理システムの導入には補助金の活用がおすすめ

勤怠管理システムは、従業員の出退勤時刻や労働時間、休暇の取得状況などを記録・管理するためのツールです。打刻や勤怠データの集計を自動化することで、担当者の業務負担を軽減できるほか、労働時間の把握や勤怠管理の正確性向上にも役立ちます。

一方、導入時には初期費用や月額利用料、必要に応じて打刻用端末の購入費などがかかります。こうした費用が導入のハードルとなっている企業は、補助金の活用を検討するとよいでしょう。補助対象となるシステムを選び、所定の申請要件を満たすことで、導入費用の一部について補助を受けられる可能性があります。

本記事では、勤怠管理システムの導入に活用できるデジタル化・AI導入補助金を中心に、申請対象や利用時の注意点、補助金を活用する際のポイントを解説します。

勤怠管理システムの導入に活用できるデジタル化・AI導入補助金とは

デジタル化・AI導入補助金は、中小企業や小規模事業者などが業務効率化や生産性向上を目的としてITツールを導入する際、その費用の一部を補助する制度です。勤怠管理システムをはじめ、業務のデジタル化に役立つツールの導入に活用できます。

2026年度からは、従来の「IT導入補助金」から「デジタル化・AI導入補助金」へ名称が変更されました。ITツールの導入にとどまらず、企業のデジタル化やAIの活用を推進する方針が、名称にも反映されています。

補助金には複数の申請枠があり、対象となるITツールや補助額、申請要件はそれぞれ異なります。勤怠管理システムの導入を検討する場合は、自社の導入目的に合った申請枠を選び、導入予定のツールが補助対象として登録されているかを事前に確認しましょう。

参考：デジタル化・AI導入補助金2026

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デジタル化・AI導入補助金の対象者

デジタル化・AI導入補助金の主な対象者は、一定の資本金または従業員数の要件を満たす中小企業・小規模事業者です。製造業や建設業、卸売業、小売業、サービス業など幅広い業種が対象となり、個人事業主も要件を満たせば申請できます。

対象となる資本金や従業員数の上限は、業種によって異なります。例えば、製造業・建設業・運輸業では資本金3億円以下または常時使用する従業員300人以下、サービス業では資本金5,000万円以下または従業員100人以下が基準となります。

小規模事業者についても、業種に応じて従業員数の基準が設けられています。ただし、これらの基準を満たしていても、必ず補助金を受けられるわけではありません。申請枠ごとの要件や対象経費なども確認し、公式サイトや公募要領を参考に、自社が申請対象となるか判断しましょう。

参考：申請の対象となる方｜デジタル化・AI導入補助金2026

勤怠管理システムは「通常枠」で申請可能

勤怠管理システムの導入には、デジタル化・AI導入補助金の「通常枠」を活用できる場合があります。通常枠は、自社の課題やニーズに合ったITツールの導入を支援し、業務効率化や労働生産性の向上を目指す企業向けの申請枠です。

補助額は、導入するITツールが対応する業務プロセスの数によって区分されます。1〜3プロセスの場合は5万円以上150万円未満、4プロセス以上の場合は150万円以上450万円以下となり、補助額の上限が異なります。

ただし、勤怠管理システムであれば、すべての製品が補助対象となるわけではありません。補助対象として登録されたITツールを選び、IT導入支援事業者と相談しながら申請を進める必要があります。導入を検討している製品が対象かどうか、事前に確認しておきましょう。

参考：通常枠｜デジタル化・AI導入補助金2026

通常枠の補助率・補助額

通常枠の補助率は原則として補助対象経費の2分の1以内です。一定の最低賃金要件を満たす事業者は、補助率が3分の2以内となる場合があります。補助額は、ITツールが対応する業務プロセス数に応じて、次のように区分されています。

補助率	補助額
1/2以内、2/3以内※1	1プロセス以上：5万円以上150万円未満
	4プロセス以上：150万円以上450万円以下

参考：通常枠｜デジタル化・AI導入補助金2026

デジタル化・AI導入補助金の申請フロー

デジタル化・AI導入補助金を申請するには、事前にGビズIDプライムの取得とSECURITY ACTIONの宣言が必要です。申請はIT導入支援事業者と連携して進めるため、導入したい勤怠管理システムを選び、必要な準備を進めましょう。

申請の主な流れは、次のとおりです。

1. 公募要領を確認する
2. GビズIDプライムを取得する
3. SECURITY ACTIONを宣言する
4. IT導入支援事業者とITツールを選定する
5. 交付申請を行う
6. 審査を経て交付決定を受ける

交付決定後は、ITツールの導入・支払いを行い、事業実績報告などの手続きを進めます。交付決定前に契約・発注・支払いを行った費用は原則として補助対象外となるため、手続きの順序に注意しましょう。

参考：新規申請・手続きフロー詳細｜デジタル化・AI導入補助金2026

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勤怠管理システムの導入に活用できるその他の助成金

勤怠管理システムの導入には、働き方改革推進支援助成金を活用できる場合もあります。厚生労働省が実施する制度で、中小企業が労働時間の短縮や年次有給休暇の取得促進などに向けた環境整備を行う際、その費用の一部を助成します。

対象となる取り組みには、労務管理用ソフトウェアの導入・更新などが含まれており、勤怠管理システムも要件を満たせば助成対象となる可能性があります。ただし、システムを導入するだけで助成を受けられるわけではなく、事業主の規模や労務管理の状況、設定する成果目標など、所定の要件を満たす必要があります。

また、コースによっては対象となる業種や取り組みが限定される場合もあります。自社が助成金の対象要件を満たさない場合や、働き方改革に関する成果目標の達成が難しい場合は、ITツールの導入による業務効率化を支援する「デジタル化・AI導入補助金」の活用も検討しましょう。

参考：働き方改革推進支援助成金｜厚生労働省

働き方改革推進支援助成金（業種別課題対応コース）

働き方改革推進支援助成金の業種別課題対応コースは、中小企業が生産性の向上や労働時間の削減などに取り組む際、必要な費用の一部を助成する制度です。時間外労働の削減や週休2日制の推進、勤務間インターバル制度の導入などを支援しています。

助成対象となる取り組みには、労務管理用ソフトウェアの導入・更新も含まれます。そのため、労働時間の適正な把握や勤怠管理業務の効率化を目的としてシステムを導入する場合、所定の要件を満たし、成果目標の達成に向けて取り組むことで、助成を受けられる可能性があります。

2026年度の業種別課題対応コースでは、建設業、運送業等、病院等、砂糖製造業、情報通信業・宿泊業が対象です。対象となる業種や企業規模、労務管理の状況などには条件が設けられているため、申請前に厚生労働省の公式情報を確認しましょう。

参考：働き方改革推進支援助成金（業種別課題対応コース）｜厚生労働省

働き方改革推進支援助成金（労働時間短縮・年休促進支援コース）

働き方改革推進支援助成金の労働時間短縮・年休促進支援コースは、中小企業が生産性を向上させながら、時間外労働の削減や年次有給休暇の取得促進に取り組む際、必要な費用の一部を助成する制度です。労働時間の管理や休暇取得に関する環境整備を支援し、働き方改革を後押しします。

助成対象となる取り組みには、労務管理用ソフトウェアや機器の導入・更新、外部専門家によるコンサルティング、就業規則の整備などがあります。そのため、勤怠管理システムの導入も、所定の要件を満たせば助成対象となる可能性があります。

ただし、システムを導入するだけではなく、時間外・休日労働の上限設定や年次有給休暇の計画的付与の導入など、定められた成果目標の達成に向けた取り組みが必要です。

また、労災保険の適用事業主であることや、中小企業の規模要件、年次有給休暇の管理に関する要件など、所定の条件を満たせば、幅広い業種の事業主が申請を検討できます。

参考：働き方改革推進支援助成金（労働時間短縮・年休促進支援コース）｜厚生労働省

助成金・補助金を活用する際の注意点

助成金・補助金を活用すれば、勤怠管理システムの導入費用を抑えられる可能性があります。ただし、申請には書類の準備が必要なほか、契約や導入のタイミング、導入後の報告などにも注意が必要です。

ここでは、助成金・補助金を活用する際の注意点について詳しく解説します。

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申請準備には時間や手間がかかる

助成金・補助金の申請には、対象要件の確認や申請書類の作成などが必要です。制度によっては、申請前にアカウントの取得や事前の宣言を求められることもあり、準備に時間がかかります。

申請期限に間に合わない事態を避けるためにも、早めに準備を始めることが大切です。制度の要件や申請手続きに不安がある場合は、社会保険労務士や中小企業診断士など、申請する制度に詳しい専門家への相談も検討しましょう。

交付決定の前にツールの発注・契約はしない

補助金を活用して勤怠管理システムを導入する場合、ITツールの発注や契約、支払いを行うタイミングに注意が必要です。デジタル化・AI導入補助金では、原則として交付決定前にこれらの手続きを行うと、補助対象外となります。

導入するシステムや費用が決まっていても、先に契約を進めるのは避けましょう。申請後は交付決定の通知を待ち、制度で定められた手順に沿って契約や導入を進めることが重要です。

成果や効果の報告が必要

助成金・補助金は、申請すればすぐに受け取れるものではありません。補助金の場合、原則として対象となる取り組みを実施した後、実績報告や必要書類の提出を行い、内容の確認を経て支給額が確定します。

制度によっては、導入後の効果や成果目標の達成状況についても報告が必要です。例えば、デジタル化・AI導入補助金では、勤怠管理システムの契約・導入・支払いなどを完了させたうえで、事業実績報告を提出し、補助金額の確定後に交付を受けます。

また、補助金の交付後も、定められた期限内に事業実施効果報告を行う必要があります。必要な報告を怠ると、補助金の交付を受けられなかったり、交付後に返還を求められたりする可能性があるため、導入後の手続きまで見据えて準備しましょう。

勤怠管理システムの選び方

勤怠管理システムを選ぶ際には、まず勤怠システム導入に対する効果や解決したい自社の課題を明確にしてから、システムを選びましょう。

前提｜勤怠管理に関する自社の課題を整理する

勤怠管理システムを比較する際に、まずは勤怠管理に関する自社の課題を整理しましょう。

一口に勤怠管理システムと言っても「対応している打刻方法」や「機能の柔軟性」「連携できるシステム」などが各社の製品で異なります。そのため自社の勤怠管理に関する課題を整理することで、必然的に必要な勤怠管理システムの特徴が見えてきます。

提供形態

勤怠管理システムの提供形態は「クラウド（SaaS）型」と「オンプレミス型」の2種類に分けられます。

クラウド型は、インターネット経由でシステムにログインできる勤怠管理システムです。インターネット接続があればどこからでもアクセス可能なため、テレワークにも対応しやすいです。導入コストが低く手軽に始めやすいため、近年主流の勤怠管理システムになっています。

オンプレミス型は、自社のサーバーにソフトウェアをインストールして管理する勤怠管理システムです。初期費用や導入コストがかかるものの、セキュリティが高く機能性にも優れているので、長期的に見てコストが安い勤怠管理システムとも言えます。

クラウド型とオンプレミス型がどちらに適しているかは、企業規模や就業形態・予算・セキュリティ対策などによって異なります。特に初めて勤怠管理システムを導入する場合は、クラウド型からの運用をおすすめします。

打刻の方法やツール

従業員の勤怠状況に適した打刻方法を採用している対応しているシステムを選ぶことも重要です。例えば、店舗での接客業や工場などは決まった時刻に出社するため、入退室管理システムと連携した打刻が適しています。

一方、現場への直行直帰が多い場合やリモートワークを導入している場合は、社外での打刻にも対応していることが必須条件です。スマホなどでログインして出退勤打刻を行うものや、GPS機能を備えたものなどさまざまな打刻方法の中から自社に適したものを選ばなければなりません。

打刻方法が合っていないと正確な勤務状況を記録できず、確認作業や個別対応が発生し労務管理の負担が増えてしまいます。また、打刻の不正にもつながるため、よく確認してから導入しましょう。

モバイルGPS打刻

モバイルGPS打刻とは、従業員がスマートフォンなどの端末を使って出退勤打刻を行う際、GPSの位置情報を同時に取得できる機能です。出退勤の情報だけでなく、打刻した時点でどこにいたかの情報を記録できるのが特徴です。

外回りなど社外での勤務を行う機会が多いと、実際に何時から勤務を開始しているか把握しにくい場合があります。モバイルGPS打刻機能のあるシステムを使うと、打刻の時点で取引先に到着しているかなどの情報を把握できます。

モバイルGPS打刻は、直行直帰型のサービスや長距離ドライバーなどの勤怠管理が難しいとされてきた業種にも対応できる新たな勤怠管理方法として注目を集めています。一方で、従業員が心理的な負担を感じやすい面もあり、十分な説明と配慮を行うことが重要です。

生体認証打刻

生体認証打刻とは、スマートフォンの顔認証や指紋認証と同様に、体の一部を認証に使用して勤怠打刻を行うことです。IDカードやタイムカードのような紛失リスクがなく、他人が代わって打刻を行うなどの不正を防止できます。

瞳の虹彩や網膜に加え、指や掌の静脈で認証を行うものなどさまざまな種類があります。パスワードの入力などに比べて高い認証効果を得られる一方で、従業員側が生体情報を取得されることに抵抗を感じる場合もあります。

ICカード打刻

ICカード打刻とは、専用のカードリーダーとICカードを用いて勤怠打刻を行うシステムです。ICカードをかざすだけで打刻が完了する非接触タイプのものが多く、スムーズに出退勤打刻を行えます。

ICカード打刻はカードを配布するだけで手軽に導入できますが、カードの紛失には注意が必要です。

入退室管理システム連動打刻

入退室管理システム連動打刻とは、入退室の記録と出退勤の打刻を連携できる打刻方法です。出退勤の打刻を行う前後にサービス残業を行うなど、実労働時間と申告内容の乖離を防ぐ効果があります。

入退室管理システムはオフィスの扉などに設置されるものや、扉の施錠・解錠で記録が行われるものなど種類が豊富です。建物や設備の状況によっては取り付けが難しい場合もあるので、事前の確認をおすすめします。

必要な機能とカスタマイズ性

勤怠管理システムによって搭載されている機能は大きく異なります。勤怠管理に関する自社の課題を解決してくれる機能があるか、またその機能が就業規則に沿って細かく設定できるのか、必要な機能とカスタマイズ性を確認しましょう。

法改正への対応

勤怠管理システムを導入するには、労働関連の法改正に対応していることも必須の条件となります。常に最新の法改正にアップデートしてくれるシステムなら、超過勤務のルールや残業単価の計算方法などに変更があった場合も自動で対応してくれます。

働き方改革によって勤怠管理に求められる条件が厳しくなり、残業時間の超過によって罰則が課される場合もあります。残業時間超過アラートなどの機能を備えたシステムを選ぶことで、リスクを事前に回避できます。

操作性とサポート体制

勤怠管理システムは使用頻度が高いため、従業員や担当者にとって使いやすいかどうかも重要なポイントです。全く同じ機能を備えていても、表示がわかりにくく打刻を間違えてしまっては管理に負担がかかってしまいます。

出退勤時刻の打刻だけでなく、勤怠データの取り込みやシステム連携などの操作が簡単にできるかどうかも確認しておきましょう。また、休暇の申請や残業時間などの確認をスムーズに行えるかどうかもチェックするべきポイントです。

さらに、通常と異なる操作や対応が必要になった際に、サポート体制が充実しているシステムならスムーズに問い合わせできます。万が一の故障や不具合が発生した場合、どのようなサポートが受けられるのかを事前に確認しておくと安心です。

給与計算など他システムとの連携

勤怠管理システムは給与計算や労務管理システムと連携させることで、更なる効率化につながります。現在利用している他サービスがある場合は、それらのサービスとなるべく加工をせずに連携できるものを選びましょう。

システムのセキュリティ

勤怠管理システムでは、従業員の氏名や勤務時間、有給休暇の取得状況などの個人情報を管理します。万が一、情報漏洩やシステム障害が発生すると、業務の停滞や従業員からの信頼低下につながる可能性があります。

そのため、安全で安定した稼働をするためにも、データ通信の暗号化や自動バックアップの有無など、セキュリティ対策を確認しておきましょう。

無料トライアルがあると操作性を確認しやすい

一度導入した勤怠管理システムを変更する場合、従業員への周知や業務フローの変更など多くの労力がかかります。慎重に導入を進めたいなら、実際のシステムをお試しで利用できる無料トライアルがおすすめです。

無料トライアルの期間はシステムによって異なりますが、1ヶ月や2ヶ月などのものを選ぶと月次の処理を一通り体験できます。トライアル期間の長さにも注目して選んでみましょう。

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業界シェアが高い勤怠管理システム人気ランキング

ここでは、株式会社PIGNUSが行った調査結果*を元に、業界シェアの高い勤怠管理システムをランキング形式で紹介します。勤怠管理システムを検討する際に、ぜひ役立ててください。

※株式会社PIGNUS「クラウド勤怠管理システム市場シェア調査」

※出典元：FitGap

1位：ジンジャー勤怠

ジンジャー勤怠はシンプルなUIと画面表示で誰でも簡単に勤怠管理が行えます。勤務実績や申請等を一覧で確認できるため、従業員の未打刻や遅刻・早退・申請の承認漏れに対して迅速に対応できます。

株式会社PIGNUSの調査によると、勤怠管理システムを導入している企業の9.8%はジンジャー勤怠を利用しています。個人事業主や中小企業・大企業の利用率も高く、企業規模を問わず幅広く利用できる人気の勤怠管理システムです。

▶️ 調査結果の内訳はこちら

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2位：ジョブカン勤怠管理

ジョブカン勤怠管理システムは、シリーズ累計導入実績25万社を超える勤怠管理システムです。出勤管理やシフト管理など4つの機能から自由にカスタマイズして利用できるほか、無料プランも提供しているので、企業規模や勤務形態を問わず利用できます。

株式会社PIGNUSの調査によると、勤怠管理システムを導入している企業の9.5%はジョブカン勤怠管理を利用しています。中でも中堅企業の利用率が高く、シリーズ連携やSlack連携など豊富な連携機能でバックオフィス全体をサポートできるため、法人向けの勤怠管理システムとして特におすすめです。

3位：TimeProシリーズ

複数の勤怠管理システムを展開するTimeProシリーズは、企業規模や費用に合わせて複数のラインナップから選択できるのが特徴です。

株式会社PIGNUSの調査によると、勤怠管理システムを導入している企業の8.3%はTimeProシリーズを利用しています。TimeProシリーズは特に大企業や中堅企業など法人での利用率が高く、正社員やパート・アルバイトなどの雇用形態や、変形労働時間制・フレックス勤務などの複雑な就業管理にも対応しています。

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まとめ

勤怠管理システムの導入には、デジタル化・AI導入補助金や働き方改革推進支援助成金を活用できる場合があります。デジタル化・AI導入補助金は、補助対象として登録されたITツールの導入を支援する制度で、働き方改革推進支援助成金は、労働時間の削減や年次有給休暇の取得促進などに取り組む事業者を支援する制度です。

ただし、制度ごとに対象となる事業者や経費、申請要件は異なります。申請準備には時間がかかるため、早めに公募要領を確認し、交付決定前に契約や発注を進めないよう注意しましょう。

自社の導入目的や条件に合った制度を選び、勤怠管理システムの導入コストを抑えながら、業務効率化や労務管理の改善につなげましょう。

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