【2026年最新】補助金で導入できる電子契約システムおすすめ4選を比較

電子契約システムを導入したいものの、初期費用や月額料金が気になる企業も多いでしょう。導入コストを抑えるには、デジタル化・AI導入補助金の活用がおすすめです。本記事では、補助金で導入できる電子契約システムの比較や申請枠、申請時の流れなどについて解説します。

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目次

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1. 補助金で導入できる電子契約システムの始め方
2. 補助金で導入できるおすすめの電子契約システム4選
3. 【比較表】補助金で導入できる電子契約システム4選
4. 電子契約システムの導入には補助金の活用がおすすめ
5. 電子契約システムに活用できるデジタル化・AI導入補助金とは
6. デジタル化・AI導入補助金の申請フロー
7. デジタル化・AI導入補助金に採択されるためのポイント
8. デジタル化・AI導入補助金を活用する際の注意点

補助金で導入できる電子契約システムの始め方

電子契約システムの利用を開始するには、公式サイトでも資料請求が必要となる場合が多いです。本サイトでは、複数のサービスの特徴をまとめて比較・資料請求できますので、ぜひご活用ください。

なお、資料の取り寄せは無料なので、複数の資料をダウンロードして、自社に最適な電子契約システムを選ぶことができますよ！

補助金で導入できるおすすめの電子契約システム4選

【比較表】補助金で導入できる電子契約システム4選

電子契約システムの導入には補助金の活用がおすすめ

電子契約システムとは、インターネット上で契約の締結や契約書の保管・管理を行えるツールです。従来の紙と印鑑を使った契約とは異なり、電子署名やタイムスタンプなどを活用して、署名者の本人性や契約書の非改ざん性を確認できるのが特徴です。

電子契約システムを導入すると、紙の契約書にかかる印刷代や郵送費、収入印紙代などを削減でき、契約書の保管スペースも抑えられます。また、印刷・製本・押印・郵送などの作業を減らせるため、業務効率化や契約締結までの時間短縮にもつながるでしょう。

一方で、導入時には初期費用や月額利用料などがかかる場合があります。こうした費用が導入のハードルとなっている企業は、「デジタル化・AI導入補助金」などの補助金制度の活用がおすすめです。

補助対象となるITツールを選び、所定の申請要件を満たすことで、導入費用の一部について補助を受けられる可能性があります。導入コストを抑えながら電子契約システムを導入したい場合は、補助金の活用も選択肢の一つです。

＼詳しくはこちらの記事をチェック／

電子契約システムに活用できるデジタル化・AI導入補助金とは

デジタル化・AI導入補助金は、中小企業や小規模事業者などの労働生産性向上を目的に、業務効率化やDX推進に向けたITツールの導入費用の一部を補助する制度です。2026年度からは、従来の「IT導入補助金」から「デジタル化・AI導入補助金」へ名称が変更されました。

電子契約システムの導入にも活用できる場合があり、補助対象として登録されたITツールを選び、所定の申請要件を満たすことで、導入費用の一部について補助を受けられる可能性があります。ただし、すべての製品が補助対象となるわけではないため、自社が申請対象となるかに加え、導入したいシステムの登録状況も確認しましょう。

参考：デジタル化・AI導入補助金2026

デジタル化・AI導入補助金の対象者

デジタル化・AI導入補助金の主な対象者は、業務効率化や生産性向上に向けてITツールの導入を検討している中小企業・小規模事業者です。飲食業や宿泊業、卸売業・小売業、運輸業、医療・介護などのサービス業に加え、製造業や建設業など幅広い業種が対象となっています。

ただし、対象となるかどうかは、業種や組織形態に応じた資本金または常時使用する従業員数などの基準によって判断されます。これらの基準を満たさない場合は申請対象とならないため、事前に自社が対象となるかを確認しましょう。

参考：申請の対象となる方｜デジタル化・AI導入補助金2026

電子契約システムの申請枠

デジタル化・AI導入補助金2026には、「通常枠」「インボイス枠（インボイス対応類型・電子取引類型）」「セキュリティ対策推進枠」「複数者連携デジタル化・AI導入枠」の4つの申請枠があります。このうち、電子契約システムの導入には、主に「通常枠」が活用されます。

通常枠は、中小企業や小規模事業者などが、業務効率化や生産性向上を目的としてITツールを導入する際に、その費用の一部を補助する申請枠です。電子契約システムをはじめ、さまざまな業務に対応したソフトウェアやAIツールなどが補助対象となります。

通常枠では、導入するITツールが対応する業務プロセス数に応じて補助額の区分が異なるほか、クラウド利用料は最大2年分が補助の対象です。ただし、申請できるのは事務局に登録されたITツールに限られるため、導入予定の電子契約システムが補助対象となっているか事前に確認しましょう。

通常枠の補助率・補助額

通常枠の補助率は原則として1/2以内で、所定の最低賃金要件を満たす場合は2/3以内となります。また、補助額は導入するITツールが対応する業務プロセス数によって区分され、1〜3プロセスの場合は5万円以上150万円未満、4プロセス以上の場合は150万円以上450万円以下です。

業務プロセスとは、補助金制度で定められた業務の区分を指します。電子契約システムは、一般的に「総務・人事・給与・教育訓練・法務・情シス・統合業務」の区分に該当しますが、実際のプロセス数は登録されたITツールの内容によって異なるため留意が必要です。

一方、電子契約以外にも、顧客対応・販売支援や会計・財務・経営など、複数の業務プロセスに対応したITツールを導入する場合は、4プロセス以上の区分で申請できる可能性があります。

そのため、4プロセス以上の通常枠で申請したい場合は、導入予定のITツールが対応する業務プロセスを確認しましょう。複数の登録済みITツールを組み合わせて申請する方法もありますが、対象となるプロセス数や申請要件を事前に確認することが重要です。

補助率	補助額
1/2以内	1プロセス以上：5万円以上150万円未満
	4プロセス以上：150万円以上450万円以下

参考：通常枠｜デジタル化・AI導入補助金2026

クラウド利用料は最大2年分が補助対象

デジタル化・AI導入補助金の通常枠では、月額や年額で利用料が設定されているクラウド型ソフトウェアも補助対象となります。クラウド利用料は最大2年分が補助対象となるため、クラウド型が主流の電子契約システムでも、所定の要件を満たせば補助金を活用できます。

また、3年目以降のクラウド利用料は補助対象外となるため、補助終了後のランニングコストも見据えてツールを選ぶことが重要です。

参考：通常枠｜デジタル化・AI導入補助金2026

デジタル化・AI導入補助金の申請フロー

デジタル化・AI導入補助金を申請できるのは審査局に登録されているツールのみで、同じく登録済みのIT導入支援事業者を通じて手続きを行わなければなりません。このように申請から支給までには複雑な工程も含まれるため、一連の流れを理解しておくことが大切です。

ここでは、デジタル化・AI導入補助金の申請フローについて解説します。

参考：新規申請・手続きフロー詳細｜デジタル化・AI導入補助金2026

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申請の準備

デジタル化・AI導入補助金を申請する際は、まず制度の内容を理解し、自社が補助対象となるか、どの申請枠を利用できるかを確認しましょう。特に、申請には「GビズIDプライム」の取得と「SECURITY ACTION」の宣言が必要となるため、早めに準備を進めることが大切です。

GビズIDプライムとは、法人や個人事業主が行政サービスにログインするための共通認証アカウントです。取得には一定の時間がかかり、申請方法によっては発行まで2週間程度を要する場合があります。一方、SECURITY ACTIONは、企業・事業者が情報セキュリティ対策に取り組むことを自己宣言する制度です。

申請の際は、まずGビズIDプライムを取得し、そのアカウントを利用してSECURITY ACTIONの宣言を行います。SECURITY ACTIONの宣言手続きはオンラインで行えますが、GビズIDプライムの取得には時間がかかる場合があるため、余裕を持って進めましょう。

また、補助金の申請には、履歴事項全部証明書や納税証明書などの書類も必要です。法人と個人事業主では提出書類が異なるため、最新の公募要領を確認し、申請期限に間に合うよう準備を始めておくことが重要です。

IT事業者・ITツールの選定

デジタル化・AI導入補助金の通常枠では、事務局に登録された「IT導入支援事業者」と「ITツール」を選定する必要があります。IT導入支援事業者は、ITツールの導入や補助金申請をサポートする事業者です。事務局に登録されたITツールに限られるため、導入したい電子契約システムを取り扱っている事業者を選びましょう。

導入製品が決まっていない場合は、自社の課題に沿って適切な電子契約システムを提案する事業者の検討もおすすめです。その他にも、同業種での支援実績やサポート内容、料金体系などを踏まえて、自社のパートナーにふさわしいかを見極める必要があります。

参考：デジタル化・AI導入補助金制度概要｜デジタル化・AI導入補助金2026
参考：ITツール・IT導入支援事業者検索（コンソーシアム含む）｜デジタル化・AI導入補助金2026

交付申請・決定

IT導入支援事業者とITツールの選定後は、交付申請の手続きに進みます。まずはIT導入支援事業者と商談を進め、導入するITツールを活用してどのように業務改善を図るか、具体的な数値目標などを盛り込んだ事業計画を策定しましょう。

交付申請は、IT導入支援事業者と連携して進める仕組みです。事業者から招待された「申請マイページ」で申請者情報の入力や必要書類の添付を行い、IT導入支援事業者によるITツール情報や事業計画値の入力が完了したら、申請内容を最終確認して事務局へ提出します。

提出後は事務局による審査が行われ、採択されると交付決定が通知されます。ITツールの発注・契約・支払いは交付決定後に行う必要があるため、通知を受けるまでは手続きを進めないよう注意しましょう。

ITツールの発注・契約

ITツールの発注・契約・支払いは、必ず交付決定の通知を受けた後に行いましょう。 交付決定前に発注や契約、支払いを行った場合は補助対象外となるため、注意が必要です。交付決定後はITツールを正式に発注・契約し、電子契約システムの導入や利用開始に向けた準備を進めます。

IT導入支援事業者によっては、初期設定や操作方法の説明など、ツールの導入支援を提供している場合もあります。電子契約システムの導入や運用に不安がある場合は、サポート内容も確認したうえで事業者を選ぶとよいでしょう。

実績報告・補助金の支給

デジタル化・AI導入補助金は、ITツールの導入後、事業実績報告を行い、補助金額が確定した後に支給される仕組みです。電子契約システムを導入しただけで自動的に補助金が支給されるわけではなく、所定の手続きを完了する必要があります。

事業実績報告では、ITツールの導入や支払いが適切に行われたことを証明するため、請求書や支払い証明書類などの提出が必要です。IT導入支援事業者と連携して報告を進め、事務局による確認を経て補助金額が確定すると、補助金が交付されます。

なお、補助金の交付後も、導入したITツールの活用状況や生産性向上の効果などについて、事業実施効果報告を行う必要があります。

デジタル化・AI導入補助金に採択されるためのポイント

デジタル化・AI導入補助金は申請したら必ず受けられるわけではなく、審査に通過するには、申請書類の作成方法や導入ツールの選び方に配慮が必要です。ここでは、デジタル化・AI導入補助金に採択されるためのポイントを解説します。

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早めに申請準備を始める

デジタル化・AI導入補助金の申請には、GビズIDプライムの取得やSECURITY ACTIONの宣言に加え、必要書類の準備やIT導入支援事業者と連携した事業計画の策定など、さまざまな手続きが必要です。GビズIDプライムの発行にはおおむね2週間かかるため、余裕を持って準備を進めましょう。

なお、SECURITY ACTIONの宣言済アカウントIDは、2026年4月からの新システムでは申込直後に発行されます。申請準備には時間と手間がかかるため、申請期限から逆算して早めに着手することが大切です。手続きに不安がある場合は、IT導入支援事業者などの専門家に相談し、サポートを受けながら進めるとよいでしょう。

参考：新規申請・手続きフロー詳細｜デジタル化・AI導入補助金2026
参考：SECURITY ACTION管理システムリリース｜SECURITY ACTIONセキュリティ対策自己宣言

申請書類は具体的に書く

デジタル化・AI導入補助金の申請では、必要書類を不備なくそろえることが大切です。法人の場合は履歴事項全部証明書や納税証明書などを準備し、申請時には電子契約システムの導入目的や導入後に期待される効果を具体的に記入しましょう。

デジタル化・AI導入補助金は、中小企業・小規模事業者などの業務効率化や生産性向上を支援する制度です。そのため、申請時には自社の課題を明確にし、電子契約システムの導入によってどのような業務改善が見込まれるのか、具体的な数値目標も交えて説明することが重要です。

例えば、曖昧な事業計画や実現が難しい目標を設定すると、申請内容の妥当性が十分に伝わらない可能性があります。IT導入支援事業者と連携しながら、申請内容や提出書類に不備がないか確認し、余裕を持って準備を進めましょう。

補助対象として登録されたITツールを選ぶ

デジタル化・AI導入補助金の対象となるのは、事務局に登録されたITツールのみです。登録されていない電子契約システムは補助対象とならないため、申請前に導入予定の製品が登録されているか確認しましょう。

公式サイトには、補助対象のITツールやIT導入支援事業者を検索できるページが設けられています。検索機能を活用して対象となる電子契約システムを確認し、自社の課題や導入目的に合った製品を選ぶことが大切です。

参考：ITツール・IT導入支援事業者検索（コンソーシアム含む）｜デジタル化・AI導入補助金2026

デジタル化・AI導入補助金を活用する際の注意点

デジタル化・AI導入補助金は、申請枠や要件達成によって補助金の上限額が変動しますが、採択されるには厳しい基準をクリアしなければなりません。ここでは、デジタル化・AI導入補助金を最大限活用したい場合に向けて、主な注意点を解説します。

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インボイス枠はシステム単体で利用できない

デジタル化・AI導入補助金の「インボイス枠（インボイス対応類型）」は、インボイス制度への対応を支援する申請枠です。補助上限額は350万円で、補助額50万円以下の部分には、中小企業で3/4以内、小規模事業者で4/5以内の補助率が適用されます。

また、一定の条件を満たせば、パソコンやタブレットなどのハードウェア購入費用も補助対象となります。一方、インボイス枠（インボイス対応類型）の対象となるのは、会計・受発注・決済のいずれかの機能を持つITツールです。そのため、これらの機能を持たない電子契約システム単体では、原則として申請できません。

インボイス枠で申請したい場合は、会計・受発注・決済のいずれかの機能を備え、補助対象として登録されたITツールを選ぶ必要があります。電子契約機能と受発注機能を併せ持つ製品などを検討する場合も、対象となる機能や登録内容を事前に確認しましょう。

150万円以上の申請は賃上げ目標が必要

デジタル化・AI導入補助金の通常枠で150万円以上の補助金を申請する場合は、賃上げ目標の設定が必須です。また、IT導入補助金2022〜2025で交付決定を受けた事業者が再度申請する場合も、原則として補助金額にかかわらず賃上げ目標が申請要件となります。

具体的な数値は過去の交付有無で異なりますが、初めての場合は1人当たりの給与支給総額を1年後に3%以上、および事業計画期間の年平均成長率で3%以上引き上げが必要です。過去に交付を受けた場合は、それぞれ3.5％の向上が必須となります。

また、150万円以上の申請では、事業場内最低賃金を地域別最低賃金より30円以上高い水準にすることや、賃上げ計画を従業員に表明することも求められます。なお、一部の事業者には例外が設けられていますが、賃上げ目標を達成できなかった場合は、交付された補助金の全部または一部の返還を求められる可能性もあるため注意しましょう。

参考：デジタル化・ＡＩ導入補助金２０２６ 公募要領（通常枠）｜デジタル化・AI導入補助金2026

申請期間は最新情報を確認する

デジタル化・AI導入補助金は、年度によって公募回数や申請期間が異なります。また、申請枠や公募回によって締切日が設定されており、期限を過ぎると該当する公募回では申請できません。

申請にはGビズIDプライムの取得やSECURITY ACTIONの宣言、必要書類の準備など、一定の時間と手間がかかります。公式サイトで最新の申請スケジュールを確認し、締切直前を避けて余裕を持って申請を進めることが大切です。

電子契約システムの選び方

電子契約システムを選ぶ際には、以下の重要な2つのポイントを押さえることが大切です。まず、電子署名のタイプ（当事者型か立会人型か）が取引ニーズに適しているかを確認し、コストと契約件数のバランスも検討します。

さらに、スマホ対応や複数言語対応、セキュリティ対策の確認、サポート体制の充実度、無料トライアルの有無など、その他のポイントにも注意を払いましょう。

これらの要素を総合的に評価することで、ニーズに適した電子契約システムを選ぶことができ、効率的かつ信頼性の高い契約業務につながります。

【重要な2つのポイント】

1. 電子署名のタイプは当事者型か立会人型か
2. 自社の契約件数とコストが見合っているか

【その他の比較ポイント】

1. スマホに対応しているか
2. 複数言語に対応しているか
3. セキュリティ対策は万全か
4. サポート体制は充実しているか

＼おすすめの電子契約システムをご紹介／

まとめ

電子契約システムを導入して業務のデジタル化を目指す場合は、デジタル化・AI導入補助金を受けられる可能性があります。補助金を利用すると、通常よりもコストを抑えて電子契約システムを導入できます。

一般的に電子契約システムに利用する「通常枠」は、業務プロセス数や賃上げ目標によって補助上限額が変動するため、仕組みを上手く活用すると良いでしょう。

一方で、ツールの選定方法や発注のタイミング、導入後の実績報告といった注意点もあるため、まずは制度について理解を深めることが大切です。本記事を参考に、デジタル化・AI導入補助金を上手に活用して電子契約システムの導入を進めましょう。