派遣社員の経費精算の流れとは？インボイス制度の影響も解説

派遣社員の交通費は、原則として雇用主である派遣元が支払うことになっています。ただし出張の旅費は派遣先が払うなど、派遣社員の経費精算は混乱しがちです。本記事では、派遣社員の交通費精算の流れや知っておきたいポイント、使用する勘定科目などについて詳しく解説します。

目次

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1. 派遣社員の経費精算はどのように行うべきか
2. 派遣社員の交通費精算の流れ
3. その他の派遣社員の経費についても流れは同じ
4. 派遣社員の経費精算で知っておきたいポイント
5. 派遣社員の経費精算でよくあるトラブルと対策
6. 派遣社員へのインボイス制度の影響
7. 派遣社員も確定申告は必要か
8. 経費精算システムを活用すれば経費精算がスムーズに
9. まとめ

派遣社員の経費精算はどのように行うべきか

派遣社員を雇っている企業では、派遣社員の交通費や出張旅費などの経費精算をどのように行えば良いのかわからないというケースも多いでしょう。派遣社員の場合、交通費は原則として派遣元が支払います。

企業には交通費規程や旅費規程などのルールが定められていることが多いですが、一般的に企業の社員にのみ適用され、自社社員ではない派遣社員には適用できません。外注先が派遣社員に交通費を支払った場合、職業安定法の観点から罰則を受ける可能性もあります。

本記事では、日当での勤務の場合にどのような経費の申請方法になるのかなど、交通費を含めた派遣社員の経費精算について詳しく解説します。

参考：労働者派遣事業関係｜よく聞かれるご質問集 – 東京労働局

参考：職業安定法| e-Gov法令検索

派遣社員の交通費精算の流れ

派遣社員の交通費支給の流れは、会社規定によって異なります。基本的には派遣社員が派遣元の交通費申請書に従って記入・申請し、その後で派遣元から派遣先に請求します。

派遣元の人事担当者は派遣社員の勤務経路や金額を逐一確認する必要があり、大きな負担となることも多いです。そのため、派遣社員は交通費の領収書を保管しておき、実際に支払った金額と領収書との差異がないようにしておく必要があります。

なお、会社によっては業務効率化のためにプリペイドカードや回数券を支給しているケースも考えられます。

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派遣社員が派遣元に申請する

派遣社員は、交通費の申請書と領収書を準備します。申請書には自宅からの経路を記入し、領収書や定期券、タクシーなど利用交通機関の明細書を保管しておかなければなりません。

経路は基本的に最短経路を記入しますが、最近では定期券の明細のみで申請可能な派遣先もあります。また、利用回数が少ない場合には回数券の購入もおすすめです。事前に経理担当が回数券を準備しておくことで、派遣社員に素早く支給できます。

日当の場合は、出張旅費計画規定に正しく明記しないと課税対象になる可能性があるため、漏れのないように書類を作成することが大切です。

派遣元から派遣社員に交通費を支払う

派遣社員から書類の提出を受けた後、会社の経費を使用するため経理部門が申請内容を確認します。最近では、経費計算システムを導入している企業も多く、比較的早く交通費を受け取れる可能性が高いです。

書類の確認作業では、派遣社員の定期利用の有無、最短経路を記入しているかなどをチェックします。仮に、不必要な経路を含んでいる場合には、再提出を派遣社員に依頼しなければならず支給に時間がかかります。

なお、派遣先が賃金を派遣社員に直接払いすると労働基準法違反に該当します。法律にも注意しながら交通費の申請・支払いを行いましょう。

派遣元から勤務先に請求をかける

契約社員が記入し、派遣元がチェックした書類を勤務先に送付します。その際、出勤経路の確認や交通費と通勤の二重払いが無いかのチェックを行います。問題がなければ勤務先から派遣元に請求金額を振り込みます。

交通費を請求する際は消費税を課税する

派遣元から勤務先へ交通費を請求する際は、消費税を課税します。派遣社員の場合、交通費も給与と同じように雇用主である派遣元から支払われます。そのため、交通費も派遣料・派遣サービスの売上の一部として扱われ、消費税の課税対象です。

勤務先が派遣社員への交通費を派遣料金の一部ではなく、単なる「交通費」として消費税非課税で処理した場合、派遣社員に直接交通費を支払ってしまうことになります。これは、「賃金は雇用主から労働者へ直接支払われる」という原則に反します。

参考：労働基準法 第二十四条｜e-Gov法令検索

参考：労働者派遣事業関係｜よく聞かれるご質問集 – 東京労働局

出張旅費等を派遣元が立て替える場合は非課税となる

派遣社員への交通費は派遣料の一部として派遣元から勤務先へ請求されますが、出張旅費など業務上必要な「経費」については扱いが異なります。

出張旅費等の経費に関しては、派遣先・勤務先双方合意のもと勤務先が支払うことになっている場合があります。そのようなケースでは、一旦派遣元が経費を立て替えて後から勤務先に請求するとしても、単なる「立替金」の扱いになるため消費税は課税されません。

参考：労働者派遣事業関係｜よく聞かれるご質問集 – 東京労働局

その他の派遣社員の経費についても流れは同じ

上記は交通費の場合の経費精算の流れですが、その他の経費についても派遣社員が経費立て替えを行った場合、基本的には同じように以下の流れで精算を行います。

1. 派遣社員が派遣元に経費を申請
2. 派遣元が派遣社員に支払い
3. 派遣元が派遣先に請求（消費税を課税）

派遣先が派遣社員に直接経費を支払うことはありませんが、発生した経費は最終的に派遣先負担になることを覚えておきましょう。

派遣社員の経費精算で知っておきたいポイント

派遣社員の経費精算はやや複雑であり、勘定関目や出張時の対応についても把握しておく必要があります。ここでは、派遣社員の経費精算で知っておきたいポイントについて解説します。

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派遣社員の給与の勘定科目は「人材派遣費」

人材派遣費は、派遣元に支払う派遣社員の派遣費用を管理するための勘定項目です。派遣されてきた派遣社員に直接報酬を支払う場合は、給与扱いになります。

また、人材派遣費に関連して、会社や作業内容によって外注費・外注工賃の勘定項目が適応される場合もあります。

派遣社員を出張させる場合は派遣先が旅費を負担する

基本的に派遣社員の出張はありませんが、稀に出張する場合もあります。その際、出張でかかる旅費は派遣元ではなく派遣先が負担します。

出張の場合は派遣社員の経費申請の流れも変わってくるため、派遣契約前に出張する可能性があるのかを確認しておくのがおすすめです。

派遣社員を出張させるには契約書が必要

基本的に派遣社員が出張することはほとんどありませんが、仮に出張をする可能性があるなら、労働者派遣事業関係の観点からその旨を契約書に明記しなければなりません。

社員に出張をさせる場合は出張手当（日当）を支払うことが多いですが、派遣社員に対して出張手当を支払う義務はなく、契約の内容次第となります。

そのため、派遣契約を結ぶ前に求人広告をよく読み、それでも不安や不明な点がある場合には派遣元まで問い合わせましょう。

参考：労働者派遣事業関係｜よく聞かれるご質問集 – 東京労働局

派遣社員の経費精算でよくあるトラブルと対策

派遣社員の経費精算は、派遣元・派遣先・本人の三者が関わるため、運用ルールが曖昧だとトラブルが発生しやすいです。特に、申請内容の不備や認識のズレが原因で、差し戻し・支払い遅延につながるケースが少なくありません。

ここでは、実務で起こりがちなトラブルと、その具体的な対策を解説します。

申請内容の不備や認識違いによる差し戻し

経費精算で多いトラブルの1つが、申請内容の不備やルール認識のズレによる差し戻しです。例えば、利用目的の記載漏れや金額の誤入力、対象外の費用を申請してしまうケースが挙げられます。

派遣社員は派遣先の業務に従事しているものの、精算ルール自体は派遣元に従うため、この認識の違いが混乱を招きやすくなります。問題の発生を防ぐには、申請時に必要な記載項目や判断基準を明文化し、事前に共有しておくことが大切です。

承認フローの曖昧さによる処理遅延

誰がどの段階で承認するのかが明確でない場合、経費精算の処理が滞る原因になります。派遣社員の経費は、派遣先での業務実態を踏まえた確認と、派遣元での最終承認の両方が必要になるケースが多く、承認経路が複雑になりがちです。

その結果、確認漏れや承認待ちの停滞が発生し、支払いまでに時間がかかることがあります。このような遅延を防ぐには、承認フローを事前に整理し、関係者全員に共有することが大事です。

具体的には、フローを可視化して承認状況をリアルタイムで把握できる仕組みを導入すれば、処理の停滞を早期に発見しやすくなります。

派遣社員へのインボイス制度の影響

インボイス制度とは「適格請求書保存方式」のことです。買手は仕入税額控除を適用するために、売手から一定の要件を満たし交付を受けた適格証明書を保存する必要があります。

売手は事前に適格請求書発行事業者の登録を受け、課税事業者として消費税を申告しなければなりません。

参考：インボイス制度の概要｜国税庁

派遣社員側が知っておくべきポイント

派遣会社と雇用関係がある場合、派遣社員へのインボイス制度の影響はありません。給与は課税取引にあたらず、適格請求書を発行する必要がないためです。しかし、派遣会社と雇用関係がない場合は注意が必要です。

給与が実際は外注費として支払われているのなら、個人事業主として扱われていることになります。収入が1,000万円未満の免税事業者の場合でも、適格請求書の発行を派遣会社に求められるおそれがあるため、雇用関係の有無を確認しましょう。

派遣社員としての契約以外にも仕事をしており、個人事業主として業務委託を受けている場合も、適格請求書の発行を求められる可能性があります。給与以外に受け取っている報酬がある場合は、契約内容を確認してみましょう。

受け入れ側のポイント①人材派遣料は仕入税額控除の対象

企業側が人材派遣会社に支払う人材派遣料は、仕入税額控除の対象となります。人材派遣会社の派遣先への役務の提供は、人材派遣会社にとって人材派遣による課税売上であり、派遣先における課税仕入です。

企業側は「支払った人材派遣料」＋「支払った消費税」を仕入税額控除に含むことができます。

受け入れ側のポイント②会社に求められる対応

取引している人材派遣会社が、課税事業者か免税事業者なのかで対応が異なるだけではなく、大きく損をすることも考えられます。今後の取引についても見直しの可能性が出てくる重要なポイントです。

人材派遣会社が課税事業者の場合

取引している人材派遣会社が課税事業者の場合は、その人材派遣会社が適格請求書発行事業者として登録しているか確認が必要です。

適格請求書発行事業者かは、国税庁の公表サイトにて確認ができます。登録事業者であれば適格請求書を発行してもらえるため、仕入税額控除が受けられます。

参考：国税庁インボイス制度適格請求書発行事業者公表サイト

人材派遣会社が免税事業者の場合

令和5年10月1日から令和8年9月30日まで	仕入税額相当額の80％
令和8年10月1日から令和11年9月30日まで	仕入税額相当額の50％

人材派遣会社が免税事業者の場合は適格請求書を発行できないため、派遣会社に支払った消費税などの仕入税額控除を受けられません。

ただし、インボイス制度開始後6年間は、一定割合を控除できる経過措置が設けられています。経過措置期間を利用し、課税事業者になるかどうかを検討する企業も多いため、人材派遣会社との契約内容も合わせて確認しましょう。

参考：５ 経過措置 （免税事業者等からの仕入れに係る経過措置） 【答】 適格請求書等保存方

派遣社員も確定申告は必要か

主に会社が源泉徴収しているため、派遣社員は確定申告する必要はありません。また、複数の派遣会社を1年間で勤務した場合でも、その時点で勤務している企業に退職時に渡される源泉徴収票を提出することで、派遣社員は確定申告不要になります。

しかし、副業や雑所得として年間20万円以上の収益がある場合には、個人で確定申告しなければなりません。

経費精算システムを活用すれば経費精算がスムーズに

煩雑になりがちな派遣社員の交通費精算の手間を軽減するには、経費精算システムの導入がおすすめです。

経費精算システムはエクセルで管理するよりも見やすく、経費精算に特化しているため、改めて書式を作成する必要がありません。また、ファイルを探す手間も省けるため、作業効率化につながります。

最近では、経費の支払いをプリペイドカードで行えるサービスも提供されています。領収書を発行する手間を省きつつ、経理担当だけでなく利用者もリアルタイムで金額を確認できるため、経費申請が不要です。

経費精算システムの選び方

経費精算システムは多数あるため、自社の目的や要件に合った製品の選択が必要です。導入時には以下のようなポイントに注意して選びましょう。

必要な機能があるか

経費精算システムには、さまざまな機能が搭載されています。自社の業務課題を洗い出し、解決につながる機能を持つものを選ぶことが重要です。

1. 経路検索
2. 交通系ICカード連携
3. クレジット・プリペイドカード連携
4. 自動仕訳
5. 申請・承認ルートの自動分析

交通費精算が主な目的であれば、経路検索や交通系ICカード連携は欠かせない機能といえます。また、申請から承認までが複雑な企業なら、最適な承認者を自動で選択してくれる機能や、経費ルール違反の申請に対して警告を表示する機能があると便利です。

電子帳簿保存法に対応しているか

電子帳簿保存法に対応しているかどうかも大事なポイントです。電子帳簿保存法では、電子取引の領収書や請求書などのデータは、電子保存することが義務化付けられています。

法的要件を満たすためには、電子帳簿保存法に対応した経費精算システムが有効です。また、インボイス制度への対応も欠かせません。各種法令に対応しているか、法令が改正された際にも迅速に対応可能かを必ず確認しましょう。

参考：電子帳簿保存法の概要｜国税庁

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まとめ

派遣社員の交通費は、原則として派遣元が支払います。派遣社員から申請があったら派遣元企業は派遣社員に支払い、その後で派遣元から派遣先へ請求を行います。ただし、出張費に関しては派遣先が支払うことが多いため注意が必要です。

複雑な派遣社員の交通費精算の手間を軽減するには、経費精算システムの導入がおすすめです。自社ニーズに合った機能を持つシステムを選び、経費・交通費精算の業務を効率化させましょう。

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