【2026年】小規模企業向け勤怠管理システムおすすめ10選を比較！導入シェアランキングや無料システムも

小規模企業や中小企業の勤怠管理はどうしてるだろう…そう考える人事担当者の方は少なくありません。本記事では、ビジネスコンシェルジュ独自のアンケート結果から、小規模法人におすすめの勤怠管理システムを徹底比較。零細企業や無料で使える勤怠管理ソフト、導入シェアの高い勤怠管理システムも紹介します。

目次

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1. 勤怠管理システムはデジタル化・AI導入補助金を使って導入できる！
2. 勤怠管理の先輩はここを見ている！勤怠管理システムの比較ポイント
3. 小規模企業に勤怠管理システムは必要か
4. 低コストで勤怠管理システムを導入するには
5. 【42サービスから厳選】小規模法人向け勤怠管理システムおすすめ10選
6. 【比較表】おすすめの小規模企業向け勤怠管理システム
7. 業界シェアが高い勤怠管理システム人気ランキング
8. 小規模企業が勤怠管理システムを導入するメリット
9. 小規模企業に必要な勤怠管理システムの機能
10. 小規模法人向け勤怠管理システムを選ぶ3つのポイント
11. 勤怠管理をさらに効率化！関連記事はこちら

勤怠管理システムはデジタル化・AI導入補助金を使って導入できる！

中小企業・個人事業主のみなさんは、「デジタル化・AI導入補助金」を利用するとお得に勤怠管理システムが導入できることをご存知でしょうか。

デジタル化・AI導入補助金は、経済産業省が所管・独立行政法人中小企業基盤整備機構が実施する補助金制度です。申請対象条件に該当する事業者が、対象ツールとして登録されている勤怠管理システムを選択して導入した場合、5万円〜最大450万円の補助を受けることができます。

補助金を利用したい場合は、以下をはじめとしたデジタル化・AI導入補助金対象ツールのベンダーに資料請求・お問い合わせをしてみましょう。

デジタル化・AI導入補助金が使える勤怠管理システムおすすめ

※2026年10月2日時点

勤怠管理の先輩はここを見ている！勤怠管理システムの比較ポイント

ビジネスコンシェルジュ編集部では、従業員の勤怠管理を行った経験がある44名を対象に独自のアンケート調査を行いました。その結果、従業員数30名以下の企業の回答では、勤怠管理システムを比較する際に最も重要なポイントは「正確な勤怠管理・打刻ができるか」「操作がしやすいか」「スマホから申請・承認ができるか」の3つということが判明しました。

「正確な勤怠管理・打刻ができるか」「操作がしやすいか」は企業規模数を問わず重要なポイントですが、小規模法人では「スマホ対応」も重視される傾向にあるようです。スマホでの勤怠管理は管理者だけでなく、従業員の打刻や休暇の申請など両者にメリットがあるので、勤怠管理システムを検討する際はぜひ参考にしてください。

＞ 調査概要はこちら

小規模企業に勤怠管理システムは必要か

小規模企業では、社長や総務・経理担当者が、勤怠管理および給与計算や人事労務を兼任しているケースが多くあります。現状、従業員数が少なくタイムカードやExcel管理の負担を感じていなければ、勤怠管理システムはコストに不満を感じる可能性があります。。

一方で、従業員が増えたり、シフト勤務や有給管理が必要になったりすると、勤怠の集計や確認に毎月時間を取られるようになります。

特に以下のような状況なら、勤怠管理システムの導入で業務効率が上がる場合が多いです。

• 毎月の勤怠集計に時間がかかる
• 打刻漏れや修正の確認が多い
• シフトを手作業で作成・管理している
• 有給休暇の残日数を個別に確認している
• 給与計算のために勤怠データを転記している

勤怠管理システムは導入にコストがかかるため、業務効率が上がった分、ほかに何ができそうかといった視点で判断することをおすすめします。

勤怠管理システムは何人からメリットがあるのか

勤怠管理システムの導入に「何人以上」という明確な基準はありません。5～10人程度の企業でも、社長や担当者が毎月の集計や計算に時間を取られているなら、導入するメリットがあります。

反対に、30人規模でも勤務形態がシンプルで、管理にほとんど手間がかからないなら、すぐにシステム化する必要がない場合もあります。

低コストで勤怠管理システムを導入するには

小規模企業が勤怠管理システムを低コストで導入するなら、「自社に必要な機能」「利用人数」の2点をよく検討して選ぶことが大切です。

小規模企業向けの勤怠管理システムは、

• 利用人数×月額数百円 +オプション料金
• すべて込みのパッケージ料金

このような料金体系が多いです。

前者の方が一見安く感じられますが、システムによっては有給管理やシフト管理がオプション扱いなこともあり、料金はシステムによって大きく変わります。

低コストで導入したいなら、必ず資料請求し、基本料金の内容とオプション内容を自社に当てはめて確認しましょう。

【42サービスから厳選】小規模法人向け勤怠管理システムおすすめ10選

ここでは数多くの勤怠管理システムの中から、小規模法人向けのおすすめ勤怠管理システムを紹介します。導入目的や企業の課題に合わせて最適なものを選びましょう。

人事労務もカバーできる｜小規模企業向け勤怠管理システム5選

人事労務もカバーできる勤怠管理システム比較一覧表

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	特徴	口コミ評価	機能	サポート	お試し
	直感的な操作性で 初心者でも簡単に使える				30日間
	低コストでバック オフィス全体をサポート				–
	小規模法人や 中小・大企業まで 幅広い業種に				30日間
	必要な機能を カスタマイズして使える				30日間
	従業員や企業の就業 ルールに柔軟に対応	–			1ヶ月間

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導入から運用定着までサポート！操作が簡単で使いやすい「ジンジャー勤怠」

無駄なコストがかからないシンプルな機能性の「freee勤怠管理Plus」

正確な勤怠管理の実現と使いやすい操作性「マネーフォワードクラウド勤怠」

企業規模や課題に合わせて機能をカスタマイズできる「ジョブカン勤怠管理」

従業員や企業の就業ルールに合わせて柔軟に対応できる「e-就業OasiS」

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勤怠管理に特化｜小規模法人向け勤怠管理システム5選

勤怠管理に特化した顧客管理システム比較一覧表

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	特徴	口コミ評価	機能	サポート	お試し
	0円から始められる 本格的な勤怠管理				60日間
	すべての機能を 追加料金なしで使える	–			無料デモ
	豊富な打刻方法で 業種や雇用形態を 問わない				30日間
	従業員30名まで 無料で使える				30日間
	低コストでできる シンプルな勤怠管理				30日間

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ワークフローや休暇管理など全ての機能を追加料金なしで使える「レコル」

¥0で始めるクラウド勤怠管理システム「スマレジ・タイムカード」

20種類の多彩な打刻方法で業種や雇用形態を問わない「KING OF TIME」

スマホ対応！従業員30名以下なら無料で使える「HRMOS勤怠 by IEYASU」

万全のサポート体制で導入しやすい「Touch On Time」

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【比較表】おすすめの小規模企業向け勤怠管理システム

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	特徴	口コミ評価	機能	サポート	お試し
	直感的な操作性で 初心者でも簡単に使える				30日間
	低コストでバック オフィス全体をサポート				–
	小規模法人や 中小・大企業まで 幅広い業種に				30日間
	必要な機能を カスタマイズして使える				30日間
	企業の就業ルールに 合わせて柔軟に対応	–			1ヶ月間
	すべての機能を 追加料金なしで使える	–			無料デモ
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	豊富な打刻方法で 業種や雇用形態を 問わない				30日間
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業界シェアが高い勤怠管理システム人気ランキング

ここでは、株式会社PIGNUSが行った調査結果*を元に、業界シェアの高い勤怠管理システムをランキング形式で紹介します。勤怠管理システムを検討する際に、ぜひ役立ててください。

※株式会社PIGNUS「クラウド勤怠管理システム市場シェア調査」

※出典元：FitGap

1位：ジンジャー勤怠

ジンジャー勤怠はシンプルなUIと画面表示で誰でも簡単に勤怠管理が行えます。勤務実績や申請等を一覧で確認できるため、従業員の未打刻や遅刻・早退・申請の承認漏れに対して迅速に対応できます。

株式会社PIGNUSの調査によると、勤怠管理システムを導入している企業の9.8%はジンジャー勤怠を利用しています。個人事業主や中小企業・大企業の利用率も高く、企業規模を問わず幅広く利用できる人気の勤怠管理システムです。

▶️ 調査結果の内訳はこちら

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2位：ジョブカン勤怠管理

ジョブカン勤怠管理システムは、シリーズ累計導入実績25万社を超える勤怠管理システムです。出勤管理やシフト管理など4つの機能から自由にカスタマイズして利用できるほか、無料プランも提供しているので、企業規模や勤務形態を問わず利用できます。

株式会社PIGNUSの調査によると、勤怠管理システムを導入している企業の9.5%はジョブカン勤怠管理を利用しています。中でも中堅企業の利用率が高く、シリーズ連携やSlack連携など豊富な連携機能でバックオフィス全体をサポートできるため、法人向けの勤怠管理システムとして特におすすめです。

3位：TimeProシリーズ

勤怠管理システムを展開するTimeProシリーズは、企業規模や費用に合わせて複数のラインナップから選択できるのが特徴です。

株式会社PIGNUSの調査によると、勤怠管理システムを導入している企業の8.3%はTimeProシリーズを利用しています。TimeProシリーズは特に大企業や中堅企業など法人での利用率が高く、正社員やパート・アルバイトなどの雇用形態や、変形労働時間制・フレックス勤務などの複雑な就業管理にも対応しています。

業界シェアが高い勤怠管理システム比較一覧表

	特徴	口コミ評価	機能	サポート	お試し
	直感的な操作性で 初心者でも簡単に使える				30日間
	必要な機能を カスタマイズして使える				30日間
	企業の複雑な 勤怠管理にも対応				–

小規模企業向け勤怠管理システムを見る

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小規模企業が勤怠管理システムを導入するメリット

小規模企業では、Excelやタイムカードを用いた勤怠管理を続けているケースが考えられます。しかし、従業員数が少ない企業ほど、勤怠集計や給与計算を限られた担当者が兼務していることが多く、管理負担が増加する傾向があります。

勤怠管理システムを導入すれば、打刻から勤怠集計、残業時間の管理までを効率化でき、人的ミスの削減や業務負担の軽減につながります。ここでは、小規模企業が勤怠管理システムを導入するメリットについて解説します。

Excel・タイムカード管理によるミスを減らせる

Excelや紙のタイムカードによる勤怠管理では、転記ミス・計算ミスが発生する可能性が高いです。特に、残業時間や深夜労働時間、有給休暇の日数などを手作業で集計している場合、確認作業にも時間がかかります。

また、法改正への対応が遅れると、割増賃金の計算ミスや労働時間管理の不備につながる可能性もあります。勤怠管理システムを導入すれば、打刻データを自動で集計できるため、手作業による入力や計算の負担軽減が可能です。

勤務時間や残業時間がリアルタイムで把握しやすくなり、管理ミスの防止にも役立ちます。さらに、クラウド型の勤怠管理システムであれば、法改正時のアップデートに自動対応しているサービスが多く、制度変更への対応負担を抑えられる点もメリットです。

給与計算や労務管理の負担を削減できる

小規模企業では、総務や経理の担当者が勤怠管理と給与計算を兼任していることにより、毎月の集計作業が大きな負担になりがちです。勤怠管理システムを利用すると、勤務データを自動で集計できるだけでなく、給与計算ソフトとの連携が可能なサービスもあります。

勤怠データを給与ソフトへ反映できれば、手入力の手間を減らして給与計算業務の効率化を図れます。有給休暇の取得状況や残業時間を可視化しやすくなるため、長時間労働の防止・労務管理の適正化にもつながるでしょう。

近年では、スマートフォン打刻・シフト管理に対応したシステムも増えており、店舗勤務や外出の多い業種でも運用しやすくなっています。少人数でも効率的に勤怠管理を行える環境を整えられるため、小規模企業にとってメリットが大きいです。

小規模企業に必要な勤怠管理システムの機能

小規模企業が勤怠管理システムを導入する際は、多機能な製品を選ぶよりも、自社の業務に必要な機能が備わっているかの確認が重要です。必要以上に高機能なシステムはコスト増加につながり、機能不足だと業務効率化の効果を十分に得られません。

特に、小規模企業では人事・労務担当者が限られているケースも多いため、日々の勤怠管理を効率化できる機能や給与計算業務の負担軽減を図れる機能が求められます。

打刻・勤怠集計機能

勤怠管理システムの基本となるのが、打刻と勤怠集計機能です。従業員が出退勤時に打刻したデータを自動で集計し、労働時間や残業時間を計算できるため、手作業による集計業務の大幅な削減につながります。

また、スマートフォンやパソコン、ICカードなど複数の打刻方法に対応しているシステムであれば、オフィス勤務だけでなくテレワーク・外回りの多い業種でも利用しやすいです。そして、勤怠データの入力ミスや計算ミスを防止できる点も大きなメリットです。

給与計算・有給休暇管理との連携機能

小規模企業では、勤怠管理だけでなく給与計算や労務管理まで少人数で担当していることが少なくありません。そのため、給与計算ソフトや労務管理システムと連携できる製品を選ぶと業務効率が向上します。

勤怠データを給与計算ソフトへ自動連携できれば、転記作業の手間やヒューマンエラーを削減可能です。将来的な従業員数の増加も見据え、周辺システムとの連携性を確認しておくことが大切です。

小規模法人向け勤怠管理システムを選ぶ3つのポイント

小規模企業にとって、新たなシステムの導入は費用の面で大きな負担となります。そこで、勤怠管理システムを選ぶ際にも、いくつかの注意点を確認しておきましょう。

導入後の費用を算出する

勤怠管理システムは無料で開始できるものもありますが、一定の期間を超えると有料に切り替わるものがほとんどです。そこで、導入後の費用はどれくらいかかるのか、年間を通してどれくらいの負担があるのかを導入前に算出しましょう。

勤怠管理システムは非常に便利なものですが、その分運用には費用もかかります。企業の運営に関わる想定外の費用負担とならないためにも、さまざまな勤怠管理システムを比較検討することが大切です。

導入費用についてはこちらの記事をCheck！

企業規模・予算に合った機能を選ぶ

勤怠管理システムといっても、サービスによって搭載している機能は違います。基本的には、高機能なほどカスタマイズにかかる費用は高くなります。

機能の中には自社にとって必要ない機能もあると考えられるため、自社の企業規模や予算に見合った機能を選び、本当に必要なのはどれなのかを明確化しましょう。小規模企業であるほど、費用を抑えるために注視すべきです。

従業員が使いやすくて継続できるか

勤怠管理システムが使いやすいかは、運用するうえで大事な部分です。特に、小規模企業はシステム関連における専門性が高い従業員を保有している可能性が低く、トラブルが起きた際には業務に大きな支障が起きてしまいます。

従業員が使いやすく・継続できるかを視野に入れながら、なるべくサポート体制が充実したシステムを選ぶのがおすすめです。また、少ない従業員から担当者を選ぶ際も、なるべく負担のかからない選び方・運用方法を考えましょう。

まとめ

小規模企業の勤怠管理は担当者が限られ、業務の属人化や手作業によるヒューマンエラーが発生するのが課題です。勤怠管理システムを導入することで、担当者の業務工数の削減だけでなく、組織全体の生産性向上につながります。

自社のニーズに合致したシステムを導入し、効率的な勤怠管理を実現させましょう。

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勤怠管理をさらに効率化！関連記事はこちら

アンケート調査実施概要・調査結果

調査対象	勤怠管理システムを管理者*として利用した経験がある男女44名 ※勤怠管理システムの検討・導入に携わったことがある方、 従業員の勤怠管理を行なっている方、 勤怠管理と合わせて給与計算や人事労務業務も兼任されている方 等
調査方法	インターネット調査
調査日	2025年6月16日〜2025年6月30日
回答者が勤める 企業の業種	不動産/建設/設備系（13.64%） IT/通信/インターネット系（9.09%） サービス/外食/レジャー系（9.09%） 小売/流通/商社系（15.91%） マスコミ/広告/デザイン/ゲーム/エンターテインメント系（2.27%） 医療系（11.36%） コンサルティング・専門サービス（4.55%） 輸送/交通/物流/倉庫系（0.00%） エネルギー/環境/リサイクル系（0.00%） メーカー/製造系（11.36%） 金融/保険系（11.36%） その他（11.36%）
回答者が勤める 企業の従業員数	1人（2.86%） 2〜10人（8.57%） 11〜30人（17.14%） 31〜50人（8.57%） 51〜100人（28.57%） 101〜200人（11.43%） 201〜300人（2.86%） 301〜500人（5.71%） 501〜1000人（14.29%） 1001人（0.00%）
回答者の勤怠管理 業務担当人数	1人（勤怠管理業務のみ）（6.82%） 1人（給与計算や人事労務などと兼任）（36.36%） 複数名で担当（56.82%）
勤怠管理システムを 比較するポイント ※2つ選択	操作のしやすさ（21.59%） 正確な打刻・勤怠管理の実現（25.00%） 休暇や残業など申請手続きのしやすさ（7.95%） スマホやICカードなど豊富な打刻方法への対応（4.55%） スマホ・モバイルからの申請・管理ができるか（11.36%） テレワーク・シフト制など多様な働き方への対応（5.68%） 勤怠情報の透明性（従業員が勤怠を確認しやすいか）（4.55%） 給与計算ソフトなど他システムとの連携のしやすさ（13.64%） コンプライアンス対応（法令遵守機能）（4.55%） セキュリティ対策（1.14%） 特にない（0.00%）
勤怠管理システムの メリット ※2つ選択	手作業による勤怠の集計・入力ミスが削減された（25.00%） 勤怠管理にかかる作業時間が短縮され、業務効率が上がった（27.50%） 従業員の勤務時間や残業時間を正確に管理できるようになった（15.00%） 従業員の勤怠状況をリアルタイムで把握できるようになった（8.75%） 残業や休暇などの申請・承認フローがスムーズになった（3.75%） テレワークやフレックスなど多様な働き方に対応できた（2.50%） アプリやモバイルから簡単に勤怠管理ができるようになった（2.50%） 他システムとの連携で給与や人事に関する作業が楽になった（5.00%） 人件費や維持費などコストが削減できた（1.25%） 法令遵守や労働時間管理がしやすくなった（7.50%） 勤怠のデータから人事評価や人員配置に活かせた（1.25%） その他（0.00%）

＜ 当調査の引用・転載に関して ＞

1. 当調査のデータを引用・転載する場合には、必ず「出典：ビジネスコンシェルジュ」の表記をお願いいたします。
2. 出典として下記ページへのリンクをお願いいたします。
   https://www.onamae.com/business/article/14881/