【2026年】中小企業向け勤怠管理システムおすすめ12選を比較！導入シェアランキングや小規模法人向けも

中小企業の勤怠管理はどうしてるのだろう…そう考える人事担当の方は少なくありません。本記事では、ビジネスコンシェルジュ独自のアンケート結果から、中小企業におすすめの勤怠管理システムをご紹介。中小企業における勤怠管理の課題や、導入シェアの高い人気の勤怠管理システムもランキング形式で紹介します。

目次

開く

閉じる

1. 勤怠管理の先輩はここを見ている！勤怠管理システムの比較ポイント
2. 勤怠管理システム資料請求までの手順
3. 【42サービスから厳選】中小企業向け勤怠管理システムおすすめ12選
4. 【比較表】おすすめの中小企業向け勤怠管理システム
5. 業界シェアが高い勤怠管理システムランキングTOP3
6. 中小企業が勤怠管理システムを導入するメリット
7. 中小企業向け勤怠管理システムを選ぶ3つのポイント
8. 中小企業向け勤怠管理システムを選ぶ際の注意点

勤怠管理の先輩はここを見ている！勤怠管理システムの比較ポイント

ビジネスコンシェルジュ編集部では、従業員の勤怠管理を行った経験がある44名を対象に独自のアンケート調査を行いました。

その結果、従業員数31名以上300名以下の企業の回答では、勤怠管理システムを比較する際に最も重要なポイントは「正確な勤怠管理・打刻ができるか」「操作がしやすいか」が同率1位で25.0%、「他システムとの連携」が16.7%で3位という結果になりました。

「正確な勤怠管理・打刻ができるか」「操作がしやすいか」は企業規模数を問わず重要なポイントではありますが、中小企業では給与計算や人事労務システムも導入している企業が多いです。

そのため、既存のシステムと勤怠管理システムを連携していかに業務効率化につながるか、システムを導入する際に合わせて検討しましょう。

＞ 調査概要はこちら

今すぐおすすめ勤怠システム紹介を見る

勤怠管理システム資料請求までの手順

勤怠管理システムはいきなり資料請求をしても、要点が掴めるまでに時間がかかります。そのため、資料請求の前に社内で情報・データの準備やまとめを行いましょう。

1. 導入に必要な情報の整理

□ 現在の勤怠管理方法
□ 勤怠管理で困っていること
□ 従業員数・勤務形態
□ 現在利用している給与計算・労務システム
□ 導入・新稼働時期

最低限この5つは整理しておきましょう。

資料を開いたときに、「うちの場合はこれができればいい」「この部分を改善したい」「今の給与計算ソフトとつながる必要がある」といった基準を持って比較するためです。

また導入時期は新年度にこだわるのではなく、給与計算や人事労務の切り替え時期と合わせられるか、繁忙期を避けられるかといった視点から検討しましょう。

2. 資料請求は複数社分申し込む

勤怠管理システムによって、「勤務形態」「打刻方法」「ソフト連携」「休暇・残業管理」「料金」「導入前サポート」などの対応は差が出ます。

また、打刻システムは給与計算などと連携させていると、簡単に乗り換えができません。資料請求は必ず複数システム行い、しっかり検討しましょう。

3. 実際に資料を比較検討する

中小企業で勤怠管理システムを導入する際、資料請求後にスムーズに比較検討できるよう見るべきポイントは以下です。

□ 自社の勤務形態に対応しているか
□ 給与計算ソフトなどと連携できるか
□ 必要な機能が基本料金に含まれているか
□ オプション・追加料金はいくらか
□ 今の勤怠管理業務をどこまで置き換えられるか
□ 導入後のサポート体制は十分か
□ 無料トライアルで実際の操作を確認できるか

この流れで検討すれば、失敗せずに勤怠管理システムへの移行ができます。また勤怠管理システムは、

・勤怠管理に加えて「従業員情報」「入社・退社手続き」「年末調整」「給与」までカバーのシリーズ展開タイプ
・勤怠管理に特化したタイプ

とに分かれます。

単体での利用を想定しているならどちらを選んでもデメリットはありません。しかし、人事・労務ソフトもいずれ想定しているなら、シリーズ展開していると連携が簡単です。

本記事ではどちらのタイプの勤怠管理システムも紹介しています。導入目的や企業の課題に合わせて最適なものを選びましょう。

【42サービスから厳選】中小企業向け勤怠管理システムおすすめ12選

ここでは、数多くの勤怠管理システムの中から中小企業向けのおすすめ勤怠管理システムを紹介します。導入目的や企業の課題に合わせて最適なものを選びましょう。

資料ダウンロードはこちら！

	人事業務を1つに統合！データ連携に強い勤怠管理 無料!!資料を無料ダウンロード
	変形労働や36協定を完遂！中規模以上の複雑な管理に 無料!!資料を無料ダウンロード

人事労務もカバーする勤怠管理システム7選

人事労務もカバーできる中小企業向け勤怠管理システム一覧表

＼ 気になるサービスをClick！／

	特徴	口コミ評価	機能	サポート	お試し
	直感的な操作性で 初心者でも簡単に使える				30日間
	低コストでバック オフィス全体をサポート				–
	小規模法人や 中小・大企業まで 幅広い業種に				30日間
	必要な機能を カスタマイズして使える				30日間
	従業員や企業の 就業ルールに柔軟に対応	–			1ヶ月間
	勤怠だけでなく工数・ プロジェクト管理も	–			30日間
	交通費精算も まとめて行える				最大 2ヶ月間

導入から運用定着までサポート！操作が簡単で使いやすい「ジンジャー勤怠」

無駄なコストがかからないシンプルな機能性の「freee勤怠管理Plus」

正確な勤怠管理の実現と使いやすい操作性「マネーフォワードクラウド勤怠」

企業規模や課題に合わせて機能をカスタマイズできる「ジョブカン勤怠管理」

従業員や企業の就業ルールに合わせて柔軟に設定できる「e-就業OasiS」

人事労務もカバーできる中小企業向け勤怠管理システム一覧表に戻る

勤怠だけでなく工数・プロジェクト管理まで行える！「Kiroku」

交通費精算もまとめて行える「キンコン」

人事労務もカバーできる中小企業向け勤怠管理システム一覧表に戻る

勤怠管理に特化した勤怠管理システム5選

勤怠管理に特化した中小企業向け勤怠管理システム一覧表

＼ 気になるサービスをClick！／

	特徴	口コミ評価	機能	サポート	お試し
	すべての機能を 追加料金なしで使える	–			無料デモ
	0円から始められる 本格的な勤怠管理				無料プラン
	豊富な打刻方法で 業種や雇用形態を 問わない				30日間
	従業員30名まで 無料で使える				30日間
	従業員20名まで 無料で使える	–			無料プラン

ワークフローや休暇管理など全ての機能を追加料金なしで使える「レコル」

¥0から始めるクラウド勤怠管理システム「スマレジ・タイムカード」

20種類の多彩な打刻方法で業種や雇用形態を問わない「KING OF TIME」

スマホ対応！従業員30名以下なら無料で使える「HRMOS勤怠 by IEYASU」

従業員20名以下なら無料！専用打刻機のいらない勤怠管理「キンクラ」

人事労務もカバーできる中小企業向け勤怠管理システム一覧表に戻る

【比較表】おすすめの中小企業向け勤怠管理システム

＼ 気になるサービスをClick！／

	特徴	口コミ評価	機能	サポート	お試し
	直感的な操作性で 初心者でも簡単に使える				30日間
	低コストでバック オフィス全体をサポート				–
	小規模法人や 中小・大企業まで 幅広い業種に				30日間
	必要な機能を カスタマイズして使える				30日間
	従業員や企業の 就業ルールに柔軟に対応	–			1ヶ月間
	勤怠だけでなく工数・ プロジェクト管理も	–			30日間
	交通費精算も まとめて行える				最大 2ヶ月間
	すべての機能を 追加料金なしで使える	–			無料デモ
	0円から始められる 本格的な勤怠管理				60日間
	豊富な打刻方法で 業種や雇用形態を 問わない				30日間
	従業員30名まで 無料で使える				30日間
	従業員20名まで 無料で使える	–			無料プラン

資料ダウンロードはこちら！

	人事業務を1つに統合！データ連携に強い勤怠管理 無料!!資料を無料ダウンロード
	変形労働や36協定を完遂！中規模以上の複雑な管理に 無料!!資料を無料ダウンロード

業界シェアが高い勤怠管理システムランキングTOP3

ここでは、株式会社PIGNUSが行った調査結果*を元に、中小企業で業界シェアの高い勤怠管理システムをランキング形式で紹介します。勤怠管理システムを検討する際に、ぜひ役立ててください。

※株式会社PIGNUS「クラウド勤怠管理システム市場シェア調査」

※出典元：FitGap

1位：ジンジャー勤怠

ジンジャー勤怠はシンプルなUIと画面表示で誰でも簡単に勤怠管理が行えます。勤務実績や申請等を一覧で確認できるため、従業員の未打刻や遅刻・早退・申請の承認漏れに対して迅速に対応できます。

株式会社PIGNUSの調査によると、勤怠管理システムを導入している中小企業の12.8%はジンジャー勤怠を利用しています。個人事業主や中小企業・大企業の利用率も高く、企業規模を問わず幅広く利用できる人気の勤怠管理システムです。

資料ダウンロードはこちら！

人事業務を1つに統合！データ連携に強い勤怠管理 無料!!資料を無料ダウンロード

2位：TimeProシリーズ

「TimePro-VG」や「CYBER XEED」など複数の勤怠管理システムを展開するTimeProシリーズは、企業規模や費用に合わせて複数のラインナップから選択できるのが特徴です。

株式会社PIGNUSの調査によると、勤怠管理システムを導入している中小企業の8.6%はTimeProシリーズを利用しています。TimeProシリーズは特に大企業や中堅企業など法人での利用率が高く、正社員やパート・アルバイトなどの雇用形態や、変形労働時間制・フレックス勤務などの複雑な就業管理にも対応しています。

3位：KING OF TIME

20種類の豊富な打刻方法と5カ国の言語・タイムゾーン対応で、業種や従業員の国籍を問わず利用できる勤怠管理システムです。株式会社PIGNUSの調査によると、勤怠管理システムを導入している中小企業の8.0%がKING OF TIMEを利用しています。

業界シェアが高い勤怠管理システム比較一覧表

＼ 気になるサービスをClick！／

	特徴	口コミ評価	機能	サポート	お試し
	直感的な操作性で 初心者でも簡単に使える				30日間
	企業の複雑な 勤怠管理にも対応				–
	豊富な打刻方法で 業種や雇用形態を 問わない				30日間

資料ダウンロードはこちら！

人事業務を1つに統合！データ連携に強い勤怠管理 無料!!資料を無料ダウンロード

中小企業向けおすすめ勤怠管理システムに戻る

中小企業が勤怠管理システムを導入するメリット

勤怠管理システムを導入すると、打刻・集計・給与計算との連携までを一元管理できるため、勤怠管理業務の効率化につながります。特に、中小企業では少人数で業務を兼任しているケースも多く、手作業による管理負担や人的ミスの削減が重要な課題です。

また、労働時間の可視化や法令対応の強化にもつながるため、業務効率化だけでなく、労務リスク対策としても役立ちます。ここでは、中小企業が勤怠管理システムを導入するメリットを解説します。

＼気になる項目をクリックで詳細へジャンプ／

勤怠管理業務を効率化できる

勤怠管理システムを導入すると、出退勤データの集計や残業時間の計算、有給休暇の管理などを自動化できます。これまでExcelやタイムカードで行っていた集計作業の負担を軽減し、月末・月初の勤怠締め作業を効率化できるでしょう。

また、給与計算システムと連携できる製品であれば、勤怠データを自動で反映可能なため、転記ミスや計算ミスの防止にもつながります。人事・労務担当者の業務負担を減らせるのは、中小企業にとって大きなメリットです。

人的ミスの防止とコスト削減につながる

手作業による勤怠管理では、打刻漏れや入力ミス、計算ミスなどが発生しやすくなります。勤怠管理システムを活用すれば、労働時間や残業時間を自動で計算できるため、人的ミスの削減が可能です。

紙のタイムカードや出勤簿が不要になることで、印刷費や保管コストの削減にもつながります。さらに、勤怠確認や修正対応にかかっていた時間を削減できるため、限られた人員でも業務を進めやすくなるでしょう。

法改正や多様な働き方に対応しやすい

近年は働き方改革関連法への対応により、企業には労働時間の適切な把握や長時間労働の管理が求められています。勤怠管理システムには、残業時間の集計やアラート機能を搭載しているものも多く、法令に沿った労務管理を行いやすくなるのが特徴です。

また、テレワークやフレックスタイム制、シフト勤務など、多様な働き方に対応できるのもメリットです。クラウド型の勤怠管理システムであれば、スマートフォンやPCから打刻できるため、外出先・在宅勤務時でも効率的な勤怠管理を行えます。

勤怠データを人員配置や業務改善に活用できる

勤怠管理システムに蓄積されたデータは、単なる出退勤管理だけでなく、組織運営の改善にも活用できます。部署ごとの残業時間・勤務状況を可視化することで、人員不足や業務負荷の偏りといった課題を把握しやすくなるでしょう。

例えば、特定の部署に残業が集中している場合には、人員配置の見直しや業務分担の改善につなげられます。このように、勤怠データを分析することで、働きやすい環境づくりや生産性向上にも役立ちます。

中小企業向け勤怠管理システムを選ぶ3つのポイント

ここでは、中小企業が勤怠管理システムを選ぶ際に必要な3つの選び方を紹介します。まずはこれらのポイントを押さえて、自社に最適な勤怠管理システムを検討しましょう。

従業員の就業形態に対応できるか

専門的な人材を少数精鋭で採用することが多い中小企業では、さまざまな雇用形態で従業員を雇っていることも多いでしょう。例えば、シフト制だったりフレックスタイム制だったり、それぞれの雇用形態・就業形態に合わせて細かく勤怠管理を行うのは大変です。

そこで、正社員・契約社員・パートなど、就業形態に対応した勤怠管理システムを導入すれば、形態が異なる従業員でも一括で勤怠管理を行うことができます。さらに、GPS機能を使用した、スマホ打刻やICカード打刻などを搭載しているシステムもあります。

勤怠管理システムを選ぶ際には、こういった従業員の雇用形態・就業形態に柔軟に対応できるシステムを選びましょう。

ワークフロー機能を搭載しているか

勤怠管理には期間限定の就業方法があります。例えば、夏季休暇や有給休暇、残業申請などです。そういった勤務方法に関して、社内で独自の承認フローを要している企業も少なくありません。

近年のテレワーク化にも対応したワークフロー機能を搭載する勤怠管理システムを選ぶことで、大幅な承認フローの削減が可能となります。社外でも、スマートフォンから申請・承認業務を行いたい企業は、ワークフローツールも検討のポイントとしましょう。

給与システムなどと連携できるか

現在、社内で給与システムや労務管理システムを使用している場合、それらと連携可能な勤怠管理システムを選ぶことが重要です。なぜなら、今まで手作業で情報を転記していたものがシステムの連携によって不要になり、さらなる業務の効率化につながるからです。

なお、連携方法に関しては、専用のアプリをダウンロードしたり、CSVファイルを使用したりする場合があります。そのため、導入前にシステム同士の連携方法に関しても十分に確認しましょう。

勤怠管理システムの基礎知識はこちら

勤怠管理システム厳選3選に戻る

中小企業向け勤怠管理システムを選ぶ際の注意点

中小企業向け勤怠管理システムを選ぶ際は、料金や機能の豊富さだけで判断しないことが大切です。自社の勤務形態や運用体制に合わないシステムを導入すると、従業員が使いこなせず、かえって管理業務が増えてしまう可能性があります。

また、導入後に他システムとの連携ができないことが判明したり、想定以上の費用が発生したりするケースも少なくありません。導入効果を最大化するためにも、事前にいくつかのポイントを把握しておきましょう。

自社の勤務形態に適した打刻方法に対応しているか

勤怠管理システムによって対応している打刻方法は異なります。PC打刻やスマホ打刻、ICカード打刻、生体認証などさまざまな方法があるため、自社の働き方に適したものを選ぶのが大事です。

例えば、営業職や現場作業員が多い企業であればスマホ打刻、オフィス勤務が中心であればPC打刻やICカード打刻が向いています。従業員が無理なく利用できる打刻方法を選ぶことで、打刻漏れや入力ミスの防止につながります。

導入後に必要となる費用を事前に把握する

勤怠管理システムは月額利用料だけでなく、初期費用やサポート費用、打刻機器の購入費用などが発生する場合があります。料金プランだけを比較して導入すると、想定以上のコストがかかる可能性があるため注意が必要です。

特に、中小企業では限られた予算内で運用することが求められるため、将来的な従業員数の増加も見据えて総コストを確認しておきましょう。無料プランやトライアル期間を活用しながら、自社にとって費用対効果の高いシステムを選ぶことが重要です。

まとめ

中小企業は従業員が少ないため勤怠管理は手入力で行われている企業が多いです。しかし、作業効率の悪さや正確性を求められる担当者の業務負担などいくつかの課題があります。

勤怠管理システムを導入すると、管理の一括化や迅速な法改正など作業効率が大幅に向上し、管理者・従業員の満足度にも影響します。中小企業で勤怠管理システムを導入する際には、既存のシステムとの連携によってどのような効率化が図れるかを検討しましょう。

資料ダウンロードはこちら！

	人事業務を1つに統合！データ連携に強い勤怠管理 無料!!資料を無料ダウンロード
	変形労働や36協定を完遂！中規模以上の複雑な管理に 無料!!資料を無料ダウンロード

勤怠管理をさらに効率化！関連記事はこちら

給与計算ソフト

アンケート調査実施概要・調査結果

調査対象	勤怠管理システムを管理者*として利用した経験がある男女44名 ※勤怠管理システムの検討・導入に携わったことがある方、 従業員の勤怠管理を行なっている方、 勤怠管理と合わせて給与計算や人事労務業務も兼任されている方 等
調査方法	インターネット調査
調査日	2025年6月16日〜2025年6月30日
回答者が勤める 企業の業種	不動産/建設/設備系（13.64%） IT/通信/インターネット系（9.09%） サービス/外食/レジャー系（9.09%） 小売/流通/商社系（15.91%） マスコミ/広告/デザイン/ゲーム/エンターテインメント系（2.27%） 医療系（11.36%） コンサルティング・専門サービス（4.55%） 輸送/交通/物流/倉庫系（0.00%） エネルギー/環境/リサイクル系（0.00%） メーカー/製造系（11.36%） 金融/保険系（11.36%） その他（11.36%）
回答者が勤める 企業の従業員数	1人（2.86%） 2〜10人（8.57%） 11〜30人（17.14%） 31〜50人（8.57%） 51〜100人（28.57%） 101〜200人（11.43%） 201〜300人（2.86%） 301〜500人（5.71%） 501〜1000人（14.29%） 1001人（0.00%）
回答者の勤怠管理 業務担当人数	1人（勤怠管理業務のみ）（6.82%） 1人（給与計算や人事労務などと兼任）（36.36%） 複数名で担当（56.82%）
勤怠管理システムを 比較するポイント ※2つ選択	操作のしやすさ（21.59%） 正確な打刻・勤怠管理の実現（25.00%） 休暇や残業など申請手続きのしやすさ（7.95%） スマホやICカードなど豊富な打刻方法への対応（4.55%） スマホ・モバイルからの申請・管理ができるか（11.36%） テレワーク・シフト制など多様な働き方への対応（5.68%） 勤怠情報の透明性（従業員が勤怠を確認しやすいか）（4.55%） 給与計算ソフトなど他システムとの連携のしやすさ（13.64%） コンプライアンス対応（法令遵守機能）（4.55%） セキュリティ対策（1.14%） 特にない（0.00%）
勤怠管理システムの メリット ※2つ選択	手作業による勤怠の集計・入力ミスが削減された（25.00%） 勤怠管理にかかる作業時間が短縮され、業務効率が上がった（27.50%） 従業員の勤務時間や残業時間を正確に管理できるようになった（15.00%） 従業員の勤怠状況をリアルタイムで把握できるようになった（8.75%） 残業や休暇などの申請・承認フローがスムーズになった（3.75%） テレワークやフレックスなど多様な働き方に対応できた（2.50%） アプリやモバイルから簡単に勤怠管理ができるようになった（2.50%） 他システムとの連携で給与や人事に関する作業が楽になった（5.00%） 人件費や維持費などコストが削減できた（1.25%） 法令遵守や労働時間管理がしやすくなった（7.50%） 勤怠のデータから人事評価や人員配置に活かせた（1.25%） その他（0.00%）

＜ 当調査の引用・転載に関して ＞

1. 当調査のデータを引用・転載する場合には、必ず「出典：ビジネスコンシェルジュ」の表記をお願いいたします。
2. 出典として下記ページへのリンクをお願いいたします。
   https://www.onamae.com/business/article/14881/