給与計算における年末調整とは？計算方法や注意点を詳しく解説

年末調整とは、給与から源泉徴収で天引きされた所得税の過不足を調整するための手続きです。企業は毎年行う必要がありますが、計算が複雑なため手順がわかりづらいです。本記事では、給与計算における年末調整の計算方法や注意点を解説します。

目次

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1. 年末調整とは
2. 年末調整の計算に必要な申告書
3. 年末調整の計算方法
4. 年末調整の計算に関する注意点
5. 給与計算ソフトを利用すれば年末調整もスムーズに
6. まとめ

年末調整とは

年末調整とは、給与所得者に対する税務手続きで、1年間に支払った給与と源泉徴収された所得税額を精算する作業です。

企業は毎月、給与から所得税を天引きして納付しますが、年末にその年の正確な税額を計算し直します。この調整により、過剰に支払った税金が還付され、不足している場合は追加で徴収が行われます。

参考：Ⅱ年末調整とは｜国税庁

参考：令和7年分　年末調整のしかた｜国税庁

年末調整と確定申告の違い

年末調整と確定申告は、どちらも所得税を正しく納めるための手続きですが、手続きを行う人や目的が異なります。年末調整は、会社が従業員に代わって行う税額の精算手続きです。

毎月の給与から源泉徴収した所得税は概算で計算されているため、年末に1年間の給与総額や各種控除額を基に、本来納めるべき所得税額を計算し直します。生命保険料控除や扶養控除などを反映し、税額の過不足を調整するのが年末調整です。

一方、確定申告は個人が自分で税務署へ申告を行う手続きです。個人事業主やフリーランスだけでなく、給与所得者でも一定条件に該当する場合は確定申告が必要になります。

つまり、年末調整は会社員を中心とした所得税の精算手続きであり、確定申告は個人が所得や控除を申告して税額を確定させる手続きです。

参考：No.2020 確定申告｜国税庁

年末調整の対象となる人・対象外となる人

年末調整は、すべての人が対象になるわけではありません。原則として、勤務先に「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を提出している給与所得者が対象となります。

正社員だけでなく、一定条件を満たすパート・アルバイトや中途入社した従業員も対象になる場合があります。また、年末時点で勤務している従業員だけでなく、海外転勤により非居住者となった人や、年の途中で退職した人でも一定条件を満たせば年末調整が行われます。

対して、年末調整の対象外となり、自身で確定申告を行わなければならないケースもあります。例えば、給与収入が2,000万円を超える人、2箇所以上から給与を受け取っている人、副業による所得が一定額を超える人などは、原則として確定申告が必要です。

年末調整の対象条件を正しく理解し、自身に必要な手続きを確認することが重要です。

参考：No.1900 給与所得者で確定申告が必要な人｜国税庁

年末調整の計算に必要な申告書

年末調整の手続きでは、従業員からの申告書の提出が必要です。具体的には、扶養控除申告書・保険料控除申告書・住宅ローン控除に関する申告書などがあります。ここでは、4つの申告書について解説します。

参考：各種申告書・記載例（扶養控除等申告書など）｜国税庁

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給与所得者の扶養控除等（異動）申告書

扶養控除等（異動）申告書は、従業員が扶養している親族に関する情報を記入し、所得税および住民税の各種控除の適用が可能な書類です。この申告書で確認される控除には、配偶者控除・扶養控除・障害者控除・寡婦控除・ひとり親控除などがあります。

扶養控除等申告書を提出しないと控除が適用されず、税負担が増える可能性があります。申告漏れや誤記入がないように注意し、必要事項を正確に記入して期限内に提出しましょう。

給与所得者の基礎控除申告書 兼 給与所得者の配偶者控除等申告書 兼 給与所得者の特定親族特別控除申告書 兼 所得金額調整控除申告書

給与所得者の基礎控除申告書 兼 給与所得者の配偶者控除等申告書 兼 給与所得者の特定親族特別控除申告書 兼 所得金額調整控除申告書は、基礎控除、配偶者（特別）控除、特定親族特別控除および所得金額調整控除の申告書が一体となったものです。

基礎控除では、年末調整時に合計所得金額が2,500万円以下の人が対象となります。複数の勤務先からの収入や給与以外の所得を含めない限り、多くの給与所得者が対象です。 

配偶者特別控除は、合計所得金額が1,000万円以下で、同一生計の配偶者の合計所得金額が58万円超え・133万円以下の人が対象です。 

特定親族特別控除を受けるには、居住者と同一生計の年齢19歳以上23歳未満の親族で、合計所得金額が58万円超え・123万円以下、配偶者・青色事業専従者・白色事業専従者ではないことといった要件を満たしている必要があります。

所得金額調整控除は、給与収入が850万円を超える人で、本人または扶養親族が特別障害者である場合や23歳未満の扶養親族がいる場合に適用されます。850万円を超えるか不明な場合でも申告書を提出します。

給与所得者の保険料控除申告書

給与所得者の保険料控除申告書は、年末調整で生命保険料や地震保険料などの保険料控除を受けるための手続きに必要な書類です。給与所得者がその年に支払った各種保険料の控除を申請するために、申告書を記入して勤務先に提出します。

この申告書には、生命保険料・介護医療保険料・個人年金保険料・地震保険料などに関する情報を記載します。保険料控除は、所得税および住民税の計算において、課税対象となる所得を減額でき、支払う税金が軽減される可能性があります。

給与所得者の（特定増改築等）住宅借入金等特別控除申告書 兼（特定増改築等）住宅借入金等特別控除計算明細書

給与所得者の（特定増改築等）住宅借入金等特別控除申告書 兼（特定増改築等）住宅借入金等特別控除計算明細書は、年末調整において住宅ローン控除を適用するために必要な書類です。

住宅ローン控除は、住宅の新築や購入、特定の増改築などにかかった借入金の利子を所得税額から差し引くことができる制度です。この申告書には、住宅ローン控除の適用を受けるために必要な情報を記載します。

申告書を正確に提出することで、年末調整時に適用される控除額が確定し、適正な税額が計算されます。初年度には確定申告が必要ですが、2年目以降の年末調整でこの申告書を提出することで税負担が軽減されます。

年末調整の計算方法

年末調整は、各種控除を反映させて最終的な税額を確定させるため、正確な申告と計算が求められます。ここでは、年末調整の具体的な計算方法について詳しく解説します。

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年間の給与支給額・社会保険料・源泉徴収税額を集計する

年末調整の計算では、初めに年間の給与支給額・社会保険料・源泉徴収税額を正確に集計します。まずは年間の給与支給額を確認し、次に社会保険料の集計を行います。社会保険料には健康保険料・厚生年金保険料・雇用保険料が含まれます。

最後に、源泉徴収税額の集計です。源泉徴収票や給与明細を基に、毎月の給与から天引きされた所得税の総額である年間の源泉徴収税額を正確に集計します。

給与所得額を求める

年間の給与支給額が確定したら、それに対する給与所得控除額を計算します。給与所得控除は所得税法で定められた控除額で、収入金額に応じて一定の割合や金額が控除されます。

給与所得控除額は収入が増えるにつれて段階的に増加し、具体的な金額は税法の規定に基づいて計算されます。次に、年間の給与支給額から給与所得控除額を差し引いて、給与所得額を算出します。この計算で得られた給与所得額が、最終的な課税所得の基礎となります。

給与所得控除の金額

給与所得控除の金額は、給与収入に応じて変動します。給与収入が増えるほど給与所得控除の金額も増加しますが、一定の上限があります。以下の表は、給与所得控除の金額についてのまとめです。

【令和7年分以降】

給与等の収入金額	給与所得控除額
1,900,000円まで	650,000円
1,900,001円～3,600,000円まで	収入金額×30％+80,000円
3,600,001円～6,600,000円まで	収入金額×20％+440,000円
6,600,001円～8,500,000円まで	収入金額×10％+1,100,000円
8,500,001円以上	1,950,000円（上限）

【令和2年分から令和6年分】

給与等の収入金額	給与所得控除額
1,625,000円まで	550,000円
1,625,001〜1,800,000円	収入金額×40％-100,000円
1,800,001〜3,600,000円	収入金額×30％+80,000円
3,600,001〜6,600,000円	収入金額×20％+440,000円
6,600,001〜8,500,000円	収入金額×10％+1,100,000円
8,500,001円以上	1,950,000円（上限）

参考：No.1410 給与所得控除｜国税庁

課税給与所得額を求める

給与所得額の次は、所得控除額を差し引いて課税給与所得額を求めます。まず、前のステップで算出した給与所得額を基に、各種所得控除を適用します。

例えば、基礎控除はすべての納税者に一律で適用される控除で、一定額が控除されます。配偶者控除や扶養控除は、扶養家族がいる場合に適用される控除です。 各控除の適用条件と金額を確認し、正確に計算しましょう。

主な所得控除

年末調整の所得控除には15種類あり、主なものは以下の表のとおりです。所得控除が適用されるケースについても確認しておきましょう。

控除の種類	適用されるケース
基礎控除	合計所得金額に応じて58万～95万の適用で適用
社会保険料控除	健康保険料、厚生年金保険料、雇用保険料を控除
配偶者控除・配偶者特別控除	配偶者が同一生計の場合、一定の所得金額以下で適用
扶養控除	扶養家族の数に応じて所得税からの控除を受けられる
寡婦控除	配偶者を亡くした寡婦が特別な控除を受けられる制度
ひとり親控除	1人で子供を扶養する親が控除を受けられる制度
生命保険料控除	支払った生命保険料を所得税から差し引く制度
障害者控除	障害者手当などを受け取る障害者が控除を受けられる
勤労学生控除	学生が所得税からの控除を受けられる制度
小規模企業共済等掛金控除	小規模企業共済等への掛金を支払った場合に受けられる

参考：令和 7 年分年末調整のしかた｜国税庁

所得税額を求める

求めた課税給与所得額に所得税率を掛け、控除額を差し引いて所得税額を算出します。課税給与所得額は、給与所得額から各種所得控除を差し引いた後の金額です。この課税給与所得額に、税法で定められた累進課税率を適用します。 

次に、各所得税率に対して定められた控除額を差し引きます。その際の控除額は累進課税の影響を調整するためのもので、公平な税負担の役割を果たします。 なお、正確な税率と控除額の適用が必要です。

所得税の税率

所得税の税率は、所得金額に応じて変動する累進課税制度が適用されています。これは、所得が高いほど高い税率が適用される仕組みです。具体的には、所得金額に対して以下のような段階的な税率が適用されます。

課税される所得金額	税率	控除額
1,000〜1,949,000円	5％	0円
1,950,000〜3,299,000円	10％	97,500円
3,300,000〜6,949,000円	20％	427,500円
6,950,000〜8,999,000円	23％	636,000円
9,000,000〜17,999,000円	33％	1,536,000円
18,000,000〜39,999,000円	40％	2,796,000円
40,000,000円以上	45％	4,796,000円

参考：No.2260 所得税の税率｜国税庁

住宅ローン控除額を差し引く

年末調整において、住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除）の申告書が提出された場合は、所得税額から住宅ローン控除額を差し引く必要があります。

まず、課税給与所得額に所得税率を掛け、控除額を差し引いて所得税額を算出します。次に、住宅ローン控除額を適用します。住宅ローン控除額は、一定の条件を満たした住宅ローンの年末残高に対して、決められた割合を掛けた金額が控除される仕組みです。

復興特別所得税を加えて年調年税額を求める

復興特別所得税は、東日本大震災の復興財源を確保するために、2013年から2037年までの25年間、所得税に追加で課される税金です。この税金の目的は、震災からの復興に必要な財源を安定的に確保することです。

復興特別所得税の算出方法としては、確定した所得税額に対して2.1％の復興特別所得税率を適用します。

参考：個人の方に係る復興特別所得税のあらまし｜国税庁

過不足金を調整する

年調年税額を出したら、源泉徴収税額と年調年税額（年間で納めるべき税額）を比較し、その過不足金を精算します。源泉徴収税額とは、毎月の給与支払い時に天引きされている所得税の合計額です。

一方、年調年税額は年間の総所得から各種控除を差し引き、最終的に納めるべき税額を計算したものです。源泉徴収税額と年調年税額を比較し、源泉徴収税額が年調年税額より多い場合、その差額は過剰に徴収されたことを意味し、過剰分は従業員に還付されます。

反対に、源泉徴収税額が年調年税額より少ない場合、その差額は追加で徴収する必要があります。これら一連の流れで1年間の税額が精算され、従業員は正確に納税できます。

必要に応じて再計算を行う

年末調整では、必要に応じて再計算を行う必要があります。例えば、新たに扶養家族が増えたり減ったりした場合、その変更を反映した再計算が求められます。

また、年の途中で昇給や降給、ボーナスの追加支給など、給与に大きな変動があった場合も再計算が必要です。給与の変動は源泉徴収額に直接影響するため、正確な税額計算を行わなければなりません。

再計算を通じて正しい源泉徴収税額と年税額を確定し、過不足の精算を適切に行います。正確な再計算が行われることで、従業員に対する公平な税負担が確保されます。

年末調整の計算に関する注意点

正確な年末調整を行うことで、従業員や企業の税務上のリスクが最小限に抑えられます。ここでは、企業が年末調整を行う際に注意すべき点を解説します。

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最新の法令を確認する

年末調整の計算を行う際は、必ず最新の法令を確認しましょう。年度によって控除項目や税率、計算方法などが変更される場合があり、適切に対応しないと誤った税額が計算されてしまいます。また、必要な書類や提出期限が変更されることもあります。

年末調整業務を行う前には、税務署のホームページをチェックすることが重要です。最新の法令についての理解が難しい場合は、税理士などの専門家への相談も検討しましょう。

従業員が正確に申告できるようフォローする

年末調整の計算において、従業員が正確な情報を提供できるように適切なフォローアップを行うことが大切です。具体的には、従業員に対して申告書の提出期限や必要事項について明確に伝え、提出前に不明・疑問点があれば解決するためのサポートを提供します。

従業員が新たな変更や追加情報を提供する際にも、その重要性を伝えて適切な手続きを案内します。正確な申告が行われることで年末調整の計算を適切に遂行でき、従業員や企業の税務上のリスクが最小限に抑えられます。

そして、正確な情報提供は従業員の公平な税負担を確保し、税務上のトラブルを未然に防ぐことにもつながります。従業員が正確な情報を提供できるよう、適切なフォローアップ体制を整えましょう。

控除必要書類の保管しておいてもらう

年末調整で従業員が生命保険料や地震保険料などの控除を受ける場合、申告書と合わせて各保険会社の控除証明書を提出する必要があります。

控除証明書は従業員宛てに毎年10〜11月頃に各保険会社から送付されるため、年末調整まで保管しておかなければなりません。会社側からも、なくさないように通達しておくのがおすすめです。

従業員が記載した控除額を検算する

従業員が控除金額を記載した申告書が提出された場合は、担当者はその控除額を検算します。従業員が自身の控除額を記載する際には、間違いや見落としの発生に注意が必要です。

特に、複雑な控除項目や最新の税制改正に関する情報を把握しきれていない場合、控除金額の算出が誤ってしまうことがあります。その結果、従業員や企業にとって不利益な状況が生じるでしょう。

担当者は従業員が提出した申告書を確認し、各控除項目の算出方法や控除の適用条件を十分に理解したうえで控除額を再計算しつつ、誤りがないかどうかを確認する必要があります。

このような検算作業によって、誤った控除額が源泉徴収税額の計算に反映されることを防ぎ、従業員と企業の双方にとって公平かつ正確な年末調整の実現につながります。

給与計算ソフトを利用すれば年末調整もスムーズに

給与計算ソフトは、社員の勤怠情報を基に給与計算と給与明細書の作成を自動で行うソフトウェアです。税率や保険料の改定がある度に手動で給与計算に反映させるのは労力がかかりますが、ソフトなら自動でデータを更新できるため、多くの企業が導入を進めています。

年末調整においては、所得税の再計算や過不足の精算が必要となり、手作業ではミスが発生するのが課題です。しかし、給与計算ソフトの使用によって計算を自動化し、ミスを防ぐことができます。

最新の税法や規則に対応しながら、正確で効率的な業務運営が可能となります。

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まとめ

年末調整は、給与所得者の年間の収入や控除を適正に計算し、源泉徴収税の調整を行うものです。これにより、年間の収入に応じた正確な税額が確定されます。

年末調整に必要な申告書には、給与所得者の扶養控除等申告書・基礎控除申告書・保険料控除申告書・住宅借入金等特別控除申告書などがあります。それぞれの申告書には、給与所得者の収入や家族の状況、支払った保険料、住宅ローンの情報などが記載されます。

給与計算ソフトの導入は年末調整の手続きを効率化し、正確性を高めるために有効です。給与計算ソフトを導入することで、申告書の記入や計算作業を自動化してヒューマンエラーを最小限に抑え、組織の業務効率を向上させられます。

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