【2026年最新】補助金で導入できる経費精算システムおすすめ7選を比較

経費精算システムを導入したいものの、初期費用や月額料金が気になる企業も多いでしょう。導入コストを抑えるには、デジタル化・AI導入補助金の活用がおすすめです。本記事では、補助金で導入できるおすすめの経費精算システムの紹介や申請の流れ、注意点などを解説します。

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目次

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1. 補助金で導入できる経費精算システムの始め方
2. 補助金で導入できるおすすめの経費精算システム7選
3. 【比較表】補助金で導入できる経費精算システム7選
4. 経費精算システムの導入には補助金の活用がおすすめ
5. 経費精算システムに活用できるデジタル化・AI導入補助金とは
6. デジタル化・AI導入補助金の申請フロー
7. デジタル化・AI導入補助金を活用する際の注意点
8. その他の経費精算システムの選び方
9. まとめ
10. 経費精算業務を効率化！関連サービスはこちら

補助金で導入できる経費精算システムの始め方

経費精算システムの多くは、資料請求をすることで運用を開始できます。これは公式サイトから検討した場合も同様です。

本サイトでは、複数のサービスをまとめて比較・資料請求できます。資料請求は無料なので、複数の製品を比較して自社に最適な経費精算システムを選びましょう。

補助金で導入できるおすすめの経費精算システム7選

ここでは、数ある経費精算システムを厳選し判明した、補助金で導入できるおすすめの経費精算システムを紹介します。資料請求と合わせて自社に最適なサービスを選びましょう

【比較表】補助金で導入できる経費精算システム7選

経費精算システムの導入には補助金の活用がおすすめ

経費精算システムは、従業員が立て替えた交通費や出張費、備品購入費などの申請・承認・精算を効率化するツールです。申請内容の入力や承認作業の効率化、会計ソフトとのデータ連携などにより、経理担当者の業務負担を軽減できるほか、入力ミスや計算ミスの防止にも役立ちます。

一方、導入時には初期費用や月額利用料、必要に応じてオプション機能の利用料などがかかります。こうした費用が導入のハードルとなっている企業は、デジタル化・AI導入補助金などの補助金制度の活用を検討するとよいでしょう。

補助対象となるITツールを選び、所定の申請要件を満たすことで、導入費用の一部について補助を受けられる可能性があります。本記事では、補助金の対象となる経費精算システムをはじめ、申請の流れや利用時の注意点について解説します。

経費精算システムに活用できるデジタル化・AI導入補助金とは

デジタル化・AI導入補助金は、中小企業や小規模事業者などの労働生産性向上を目的に、業務効率化やデジタルトランスフォーメーション（DX）に向けたITツールの導入費用の一部を補助する制度です。補助対象となるソフトウェアやサービスは、事前に事務局の審査を受け、登録されている必要があります。

2026年度からは、従来の「IT導入補助金」から「デジタル化・AI導入補助金」へ名称が変更されました。この名称変更には、中小企業の生産性向上に向けて、ITツールの導入にとどまらず、デジタル化やAIの活用を推進する方針が反映されています。

経費精算システムの導入にも活用できる場合がありますが、すべての製品が補助対象となるわけではありません。申請する際は、導入したいシステムが補助対象として登録されているかを確認し、IT導入支援事業者と連携して手続きを進める必要があります。

また、補助額や対象経費、申請要件は申請枠によって異なるため、公式サイトで最新の公募要領を確認しましょう。

参考：デジタル化・AI導入補助金2026

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デジタル化・AI導入補助金の対象者

デジタル化・AI導入補助金の主な対象者は、中小企業や小規模事業者です。飲食業や小売業、サービス業、製造業、建設業など幅広い業種が対象となっており、個人事業主も所定の要件を満たせば申請できます。対象となるかどうかは、業種や組織形態に加え、資本金または常時使用する従業員数などの基準によって判断されます。

ただし、これらの基準を満たしていても、必ず補助金を受けられるわけではありません。申請枠ごとの要件や、導入するITツールの条件なども確認する必要があります。自社が申請対象となるか判断に迷う場合は、公式サイトの「申請の対象となる方」や公募要領を確認しましょう。

参考：申請の対象となる方｜デジタル化・AI導入補助金2026

経費精算システムの申請枠

デジタル化・AI導入補助金には、導入するITツールや利用目的に応じた複数の申請枠が設けられています。

経費精算システムは、業務効率化を目的とする「通常枠」に加え、インボイス制度に対応した「会計」「受発注」「決済」のいずれかの機能を備えた製品であれば、「インボイス枠（インボイス対応類型）」で申請できる場合もあります。

ただし、申請できる枠は、導入するITツールの登録状況や機能、申請要件によって異なるため、導入前に対象となる申請枠を確認しましょう。ここでは、経費精算システムの導入に活用できる2つの申請枠について解説します。

通常枠

通常枠は、中小企業や小規模事業者が自社の課題に合ったITツールを導入し、労働生産性の向上を図るための費用の一部を補助する申請枠です。経費精算システムの導入費用やクラウド利用料なども、所定の要件を満たせば対象経費となります。

補助額は、導入するITツールが対応する業務プロセスの数によって区分されます。1〜3プロセスの場合は5万円以上150万円未満、4プロセス以上の場合は150万円以上450万円以下です。補助率は原則として2分の1以内ですが、所定の最低賃金要件を満たす事業者は3分の2以内となります。

補助率	補助額
1/2以内、2/3以内	1プロセス以上：5万円以上150万円未満
	4プロセス以上：150万円以上450万円以下

参考：通常枠｜デジタル化・AI導入補助金2026

インボイス枠（インボイス対応類型）

インボイス枠（インボイス対応類型）は、中小企業や小規模事業者などが、インボイス制度に対応したITツールを導入する際に、その費用の一部を補助する申請枠です。補助対象となるのは、「会計」「受発注」「決済」のいずれかの機能を備えたソフトウェアで、機能拡張や導入支援などにかかる費用も所定の要件を満たせば対象となります。

補助額は、対応する機能の数によって区分されます。「会計」「受発注」「決済」のうち、1機能以上に対応する場合は50万円以下、2機能以上に対応する場合は50万円超350万円以下の区分が設けられています。

補助率は、補助額50万円以下の部分については中小企業が4分の3以内、小規模事業者が5分の4以内、50万円を超える部分については3分の2以内です。申請前に公式サイトで対象製品や詳細な要件を確認しましょう。

補助率	補助額
3/4以内、4/5以内	50万円以下
2/3以内	50万円超〜350万円以下

参考：インボイス枠（インボイス対応類型）｜デジタル化・AI導入補助金2026

補助対象になる費用・ならない費用

デジタル化・AI導入補助金では、経費精算システムのソフトウェア購入費やクラウドサービスの利用料、導入時の設定や操作説明などにかかる費用が補助対象となります。ただし、対象となるのは事務局に登録されたITツールの導入にかかる費用であり、申請枠によって対象経費が異なります。

通常枠では、ソフトウェアの購入費やクラウド利用料（最大2年分）に加え、導入設定やマニュアル作成、研修、保守サポート、導入コンサルティングなどの費用が補助対象です。一方、パソコンやタブレットなどのハードウェア購入費は対象外のため注意しましょう。

インボイス枠（インボイス対応類型）では、所定の条件を満たせばハードウェアの購入費も補助対象となります。対象となるのは、補助対象のソフトウェアと併せて導入するパソコンやタブレット、レジ、券売機などです。ただし、機器の種類によって補助対象となる条件が異なり、ハードウェアのみでの申請はできません。

このように、同じ経費精算システムを導入する場合でも、申請枠によって補助対象となる費用は異なります。申請前に対象経費や要件を確認し、導入費用のうち補助対象となる範囲を把握しておきましょう。

参考：通常枠｜デジタル化・AI導入補助金2026
参考：デジタル化・AI導入補助金2026 インボイス対応類型 よくあるご質問

おすすめの補助金で導入できる経費精算システムをもう一度見る

デジタル化・AI導入補助金の申請フロー

デジタル化・AI導入補助金を利用するには、事前準備から申請、システムの導入、実績報告まで、決められた手順に沿って手続きを進める必要があります。特に重要なのは、事務局から交付決定の通知を受ける前に、システムを発注・契約しないことです。 

先に契約や支払いを済ませると、補助金を受け取れなくなるため注意しましょう。申請から補助金の受給までの流れを、5つの段階に分けて解説します。 

参考：新規申請・手続きフロー詳細｜デジタル化・AI導入補助金2026

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申請の準備

申請を始める前に、デジタル化・AI導入補助金の制度や公募要領を確認し、申請条件や必要書類を把握しておきましょう。申請には、法人・個人事業主などの申請者情報や事業に関する情報の準備が必要です。

また、申請要件として「GビズIDプライム」の取得と、情報セキュリティ対策への取り組みを自己宣言する「SECURITY ACTION」の宣言が求められます。IDの発行や宣言の手続きには時間がかかる場合があるため、申請期限に余裕を持って準備を進めることが大切です。

IT事業者・ITツールの選定

デジタル化・AI導入補助金では、原則として、事務局に登録された「IT導入支援事業者」と「ITツール」を選ぶ必要があります。自社で自由に選んだシステムを、そのまま補助金の対象として申請できるわけではありません。

経費精算システムを導入する場合は、自社の業務課題や必要な機能、予算などを整理したうえで、対象製品を取り扱うIT導入支援事業者を選定しましょう。公式サイトの検索ページでは、登録済みのIT導入支援事業者やITツールを把握できます。また、導入したい製品が希望する申請枠の対象として登録されているかも確認しておきましょう。

参考：デジタル化・AI導入補助金制度概要｜デジタル化・AI導入補助金2026
参考：ITツール・IT導入支援事業者検索（コンソーシアム含む）｜デジタル化・AI導入補助金2026

交付申請・決定

導入するITツールとIT導入支援事業者を選んだら、IT導入支援事業者と商談を進め、導入目的や事業計画を整理します。その後、IT導入支援事業者から「申請マイページ」の招待を受け、必要な情報の入力や書類の添付を行います。

申請者とIT導入支援事業者がそれぞれ必要事項を入力し、申請内容を確認したうえで事務局に提出します。提出後は審査が行われ、交付が決定すると通知が届きます。申請しただけで補助金の交付が確定するわけではないため、交付決定の通知を受け取るまでは発注や契約を控えましょう。

ITツールの発注・契約

ITツールの発注・契約・支払いは、必ず事務局から交付決定の通知を受けた後に行います。交付決定前に発注・契約・支払いを行った場合、原則として補助対象外となるため注意が必要です。

交付決定後は、申請した内容に沿って経費精算システムの契約や導入を進めます。契約書や請求書、支払いを証明する書類などは、後の実績報告で必要になるため、紛失しないように保管しておきましょう。

実績報告・補助金の支給

デジタル化・AI導入補助金は、システムを導入した時点で支給されるものではありません。導入や支払いを完了した後、申請マイページから実績報告を行い、事務局による確認を受ける必要があります。実績報告では、ITツールの発注・契約・納品・支払いなどを証明する書類を提出します。

IT導入支援事業者による確認を経て報告を完了し、事務局の確定検査によって補助金額が確定した後、申請者が金額を確認・承認すると、補助金の支給手続きが進みます。事業の実施状況や報告内容に不備がある場合、補助金を受け取れない可能性もあるため、必要書類を適切に管理し、期限内に手続きを行いましょう。

デジタル化・AI導入補助金を活用する際の注意点

デジタル化・AI導入補助金を活用すれば、経費精算システムの導入費用を抑えられる可能性があります。ただし、申請には事前準備が必要なほか、補助額によっては賃上げに関する要件が設けられています。

導入後の業務への影響や申請スケジュールも考慮し、計画的に手続きを進めることが大切です。ここでは、補助金を活用する際に押さえておきたい4つの注意点を解説します。 

＼気になる項目をクリックで詳細へジャンプ／

早めに申請準備を始めておく

デジタル化・AI導入補助金の申請には、必要書類の準備や申請要件の確認などに時間がかかるため、早めに準備を始めることが重要です。申請手続きに不安がある場合は、IT導入支援事業者や中小企業診断士などの専門家に相談すると、必要な手続きや事業計画の整理を進めやすくなります。

また、申請前には「GビズIDプライム」の取得と「SECURITY ACTION」の宣言が必要です。GビズIDプライムの発行にはおおむね2週間かかるため、余裕を持って手続きを進めましょう。

SECURITY ACTIONの宣言済アカウントIDについては、補助金の公式サイトでは発行までおおむね2〜3日と案内されています。一方で2026年4月から導入された新しい管理システムでは、申込直後に取得できるようになっているため、申請時には最新の手続き方法を確認しましょう。

参考：新規申請・手続きフロー詳細｜デジタル化・AI導入補助金2026
参考：SECURITY ACTION管理システムリリースのご案内｜SECURITY ACTIONセキュリティ対策自己宣言

無理なく運用を切り替えられるか確認

経費精算システムは、交付決定後に発注・契約を行い、導入を進める必要があります。そのため、申請から交付決定までの期間や、システムの設定・従業員への操作説明に必要な時間を考慮し、無理なく運用を切り替えられる時期を検討しましょう。

たとえば、決算期や繁忙期にシステムを切り替えると、経理担当者や従業員の負担が増える可能性があります。既存の精算業務との並行期間や、従業員への周知・研修に必要な期間も考慮し、余裕のある導入スケジュールを立てることが重要です。

補助事業の実施期限も定められているため、交付決定後の導入期間を公式サイトで確認しておきましょう。

申請期間は最新情報を確認

デジタル化・AI導入補助金は、年度によって公募回数や申請期間、交付決定日などが異なります。募集回ごとに締切日が設定されているため、申請を検討する際は公式サイトの事業スケジュールを確認し、期限に間に合うように準備を進めましょう。

申請期限の直前は、申請システムへのアクセスが集中する場合もあります。必要書類の不足や入力ミスがあると、手続きに時間がかかる可能性もあるため、締切日ぎりぎりの申請は避けるのが安心です。申請を予定している枠の最新情報や公募要領を確認し、余裕を持って申請を進めましょう。

その他の経費精算システムの選び方

ここでは、経費精算システムを選ぶ際に活用できる注目ポイントを掲載しています。それぞれのポイントを確認し、自社のニーズに合致した経費精算システムを選択しましょう。

【その他の比較ポイント】

1. 電子帳簿保存法への対応可否で選ぶ
2. 他システムとの連携性で選ぶ
3. 多言語や外貨に対応しているか
4. スマホで利用できるか
5. お試し無料トライアルがあるか

電子帳簿保存法への対応可否で選ぶ

経費精算システムを選ぶ際は、電子帳簿保存法（電帳法）に対応しているかも確認しましょう。電帳法は、国税関係の帳簿や書類を電子データで保存することを認める法律です。

情報化・ペーパーレス化の流れを受け、2024年からは電子取引を行った際のデータはオンラインで保管することが義務化されています。

電子帳簿保存法にどこまで対応しているかは製品によって異なります。JIIMA（日本文書情報マネジメント協会）の認証を受けているかが、対応の有無を判断する1つの目安となるでしょう。

参考：電子帳簿保存法の概要｜国税庁

参考：JIIMA認証情報リスト｜国税庁

インボイス制度への対応状況も確認する

2023年10月から開始したインボイス制度では、領収書や請求書に「適格請求書発行事業者」の登録番号が記載されます。経費精算システムがインボイス制度に対応していれば、登録番号の読み取りや税区分の判定、仕訳処理を効率化できます。

一方、対応していないシステムでは、登録番号の確認や仕訳修正を手作業で行う必要があり、経理担当者の負担増加につながります。法令対応をスムーズに進めるためにも、電子帳簿保存法だけでなくインボイス制度への対応状況も確認しておきましょう。

参考：インボイス制度について｜国税庁

他システムとの連携性で選ぶ

経費精算システムを導入する際は、会計ソフトやERP、人事労務システムなど既存システムとの連携性も確認しましょう。連携機能が充実していれば、経費データを自動で反映できるため、二重入力や転記ミスの防止につながります。

特に従業員数の多い企業では、経費精算データを会計システムへ手作業で入力する負担が大きくなりやすいです。そのため、API連携やCSV連携に対応したシステムを選ぶことで、経理業務の効率化と内部統制の強化を両立できます。

多言語や外貨に対応しているか

外資系の企業、海外に拠点を持つ企業、海外の取引先が多い企業、英語が公用語の地域で事業展開している企業は、多言語や外貨に対応しているかを確認しましょう。外貨の計算や為替レートの取得を自動で行う機能があるサービスなら、複雑な精算作業を回避できます。

英語に対応していない経費精算システムの場合、日本語がわからない従業員に対しては別途言語対応が必要ですが、英語対応であれば負担の軽減につながるでしょう。

スマホで利用できるか

申請・承認作業を手軽に行いたい場合は、スマホアプリ対応の経費精算システムを検討しましょう。スマホアプリ対応の経費精算システムなら、いつでもどこでも申請・承認が可能になります。

申請・承認作業のために出社する必要がなくなるだけでなく、精算を月末に溜め込んでしまうといった業務の滞りも防ぐことができます。

お試し無料トライアルがあるか

一度導入した経費精算システムを変更する場合、従業員への周知や業務フローの変更などに多くの労力がかかります。慎重に導入を進めたいなら、実際のシステムをお試しで利用できる無料トライアルの活用がおすすめです。

無料トライアルの期間はシステムによって異なりますが、1ヶ月や2ヶ月などのものを選ぶと月次の処理を一通り体験できます。トライアル期間の長さにも注目して選んでみましょう。

まとめ

経費精算システムの導入には、デジタル化・AI導入補助金を活用できる場合があります。通常枠に加え、インボイス制度に対応した機能を持つ製品であれば、インボイス枠（インボイス対応類型）で申請できる可能性もあります。

ただし、補助対象となる製品や費用、補助額、申請要件は申請枠によって異なるため、事前の確認が欠かせません。補助金を利用する際は、GビズIDプライムの取得や必要書類の準備を早めに進め、登録済みのIT導入支援事業者とITツールを選ぶことが重要です。

また、交付決定前に発注・契約を行わないことや、導入後に実績報告が必要となることにも注意しましょう。自社の業務課題や導入スケジュールに合った経費精算システムを選び、最新の公募要領を確認しながら申請を進めることで、導入費用の負担を抑えつつ、経費精算業務の効率化を目指せます。

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